PDB-2jks: Crystal structure of the the bradyzoite specific antigen BSR4 fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jks

タイトル

Crystal structure of the the bradyzoite specific antigen BSR4 from toxoplasma gondii.

要素

BRADYZOITE SURFACE ANTIGEN BSR4

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Boulanger, M.J. / Grigg, M.E. / Bruic, E. / Grujic, O.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural Characterization of the Bradyzoite Surface Antigen (Bsr4) from Toxoplasma Gondii, a Unique Addition to the Surface Antigen Glycoprotein 1-Related Superfamily.
著者: Crawford, J. / Grujic, O. / Bruic, E. / Czjzek, M. / Grigg, M.E. / Boulanger, M.J.

履歴

登録	2008年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jks.cif.gz	77.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jks.ent.gz	56.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jks_validation.pdf.gz	436 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jks_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	2jks_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	2jks_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/2jks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/2jks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kzqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fj1-3 1zcl-d 4oyh-2 1bw8-d 2pr9-d 4g8l-2 3if0-1 3huf-1 1exz-1 6fj1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BRADYZOITE SURFACE ANTIGEN BSR4

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.050, 92.050, 98.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	BRADYZOITE SURFACE ANTIGEN BSR4 / BSR4 分子量: 34061.887 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 55-363 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ) 株: ME49 / プラスミド: PACGP67B 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: Q95NL6
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月10日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→33.6 Å / Num. obs: 396248 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.69 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 11.41 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KZQ

1kzq

解像度: 1.9→30.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 4.914 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	1715	5.1 %	RANDOM
R_work	0.238	-	-	-
obs	0.24	32104	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2138	0	8	279	2425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.868	1.944	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.233	5	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.065	25.814	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.215	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	30.523	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.229	1.5	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.103	2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.937	3	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.475	4.5	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.355	130
R_work	0.334	2312

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2261	1.1084	-1.3613	1.3225	-0.4309	3.5061	0.245	0.1392	0.3706	0.0922	0.0575	0.2923	-0.028	-0.0269	-0.3025	-0.0382	-0.0027	0.1083	-0.0383	0.027	0.0474	-2.9132	13.3842	24.9614
2	1.9425	1.1272	0.7047	1.0132	0.0432	0.628	0.1585	-0.4235	0.1616	0.735	-0.0699	-0.1747	0.1246	0.4951	-0.0885	0.1244	0.0042	0.0376	0.0325	0.0062	-0.1414	7.8243	9.0601	35.4229
3	0.1492	0.1495	-0.3219	0.6136	0.1637	1.2044	0.1411	-0.0804	0.0703	0.0982	-0.1248	0.0674	0.0615	0.1708	-0.0163	0.0135	-0.0165	0.0592	-0.0241	0.0015	-0.025	4.8761	11.7935	25.9358
4	1.2497	-0.3691	-1.0143	1.3965	-0.9706	3.3065	-0.005	-0.014	0.0543	0.0864	0.0632	-0.0103	-0.1597	0.0597	-0.0581	-0.0127	0.0065	-0.0139	-0.04	-0.0099	-0.0348	26.5327	3.7771	0.9306
5	0.2278	0.0137	-0.7165	0.5178	-0.501	2.6596	-0.0286	-0.0578	0.045	-0.0105	0.0917	0.0396	0.0656	0.0382	-0.0631	-0.0121	0.0307	-0.0045	-0.0317	-0.0084	-0.0246	29.1875	-1.0955	-0.0431
6	0.3059	-0.133	-0.3772	1.2742	0.4049	0.5129	0.003	-0.0572	0.1577	0.0221	0.0709	-0.0953	0.0876	-0.0523	-0.0738	-0.0618	0.0219	-0.0063	0.0235	-0.0338	-0.0055	26.2908	9.0678	-2.1989
7	0.6802	-0.0772	-0.6828	0.2856	0.2528	0.7964	0.0023	-0.0511	0.0406	0.0314	0.0448	0.0142	0.0483	0.0919	-0.0471	-0.0309	0.0173	0.005	-0.0156	0.0171	-0.0394	18.5745	5.4407	10.8196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 48
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	2	A	83 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	116 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	132 - 141
11	X-RAY DIFFRACTION	3	A	152 - 161
12	X-RAY DIFFRACTION	3	A	167 - 169
13	X-RAY DIFFRACTION	4	A	172 - 176
14	X-RAY DIFFRACTION	4	A	187 - 191
15	X-RAY DIFFRACTION	4	A	197 - 201
16	X-RAY DIFFRACTION	4	A	206 - 209
17	X-RAY DIFFRACTION	5	A	254 - 258
18	X-RAY DIFFRACTION	5	A	269 - 277
19	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1316 - 1323
20	X-RAY DIFFRACTION	7	A	2001 - 2279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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