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- PDB-2jkg: Plasmodium falciparum profilin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jkg
タイトルPlasmodium falciparum profilin
要素
  • OCTAPROLINE PEPTIDE
  • PROFILIN
キーワードPROTEIN BINDING / PROLINE-RICH LIGAND / PROTEIN-BINDING / MALARIA / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / sequestering of actin monomers / actin monomer binding / phospholipid binding / actin cytoskeleton / cell cortex / actin cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
Profilin, apicomplexa / : / Profilin / Profilin / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Kursula, I. / Kursula, P. / Ganter, M. / Panjikar, S. / Matuschewski, K. / Schueler, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for Parasite-Specific Functions of the Divergent Profilin of Plasmodium Falciparum.
著者: Kursula, I. / Kursula, P. / Ganter, M. / Panjikar, S. / Matuschewski, K. / Schuler, H.
履歴
登録2008年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN
P: OCTAPROLINE PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9213
ポリマ－20,8972
非ポリマー241
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-9.2 kcal/mol
Surface area11270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.520, 49.700, 83.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROFILIN / CONSERVED PROTEIN


分子量: 20102.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
解説: CODONPLUSRIPL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I2J4
#2: タンパク質・ペプチド OCTAPROLINE PEPTIDE


分子量: 794.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 80 % TACSIMATE, PH 5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンMAX II I911-311
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A20.9193, 0.9196, 0.8856
検出器
タイプID検出器詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCDRH-COATED SI MIRRORS
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.91931
30.91961
40.88561
反射解像度: 1.89→20 Å / Num. obs: 15675 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0077精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.89→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 7.187 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 783 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 14883 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.19 Å20 Å20 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---3.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1351 0 1 100 1452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9661881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.51532249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg16.2375171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65526.23269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64215218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.113153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1062813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97431298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3684509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.625494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 50
Rwork0.305 959
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7546-0.15040.54333.9060.49112.2846-0.08890.0864-0.5081-0.0193-0.0005-0.51680.24910.240.08950.25670.02280.05120.19510.04630.235310.61-6.0047.25
24.81220.7280.363222.259-2.599434.9703-0.3463-0.8561-1.3369-0.1036-0.8134-0.57780.36621.08241.15970.2893-0.0146-0.02790.29970.20970.25028.672-9.44423.123
38.6889-4.22762.26344.8547-0.64381.9948-0.1922-0.4097-0.52550.15770.15260.49160.4382-0.31860.03960.2812-0.0490.07760.25140.05090.1758-5.722-5.01112.832
46.6179-6.09421.933639.8402-0.32671.6995-0.215-0.1326-0.07910.1535-0.3102-1.0402-0.68510.04650.52510.0897-0.0976-0.09830.297-0.06680.2658-21.06410.6611.816
52.2032-0.7656-0.43421.7562-0.54822.3633-0.05280.04020.0079-0.0136-0.00530.07860.102-0.15010.05820.2507-0.0084-0.00330.2487-0.01490.1685-4.0035.8773.932
63.5041.4416-0.70911.7066-0.46181.6042-0.18430.1351-0.0954-0.02880.1378-0.25250.1115-0.07850.04650.26750.0196-0.01070.2576-0.00010.18098.7285.4563.194
75.3529-1.7988-3.87414.03731.46797.9548-0.1443-0.56390.02610.3621-0.0055-0.3446-0.15320.33890.14990.2492-0.0051-0.05920.28760.02990.203313.1656.61811.427
835.080911.29227.511748.7579-2.20394.94031.00132.1031-2.1815-2.7923-0.7334-1.42440.73711.8695-0.2680.34650.1060.18230.2293-0.09270.331819.442-4.264-4.55
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2A39 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3A49 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4A63 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5A74 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6A109 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7A145 - 164
8X-RAY DIFFRACTION8A165 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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