PDB-2jkf: Plasmodium falciparum profilin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jkf

タイトル

Plasmodium falciparum profilin

要素

PROFILIN

キーワード

PROTEIN BINDING / PROLINE-RICH LIGAND / PLASMODIUM FALCIPARUM / MALARIA / PROFILIN / CYTOSKELETON / ACTIN FILAMENT STRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / sequestering of actin monomers / actin monomer binding / phospholipid binding / actin cytoskeleton / actin binding / cell cortex / actin cytoskeleton organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Kursula, I. / Kursula, P. / Ganter, M. / Panjikar, S. / Matuschewski, K. / Schueler, H.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for Parasite-Specific Functions of the Divergent Profilin of Plasmodium Falciparum
著者: Kursula, I. / Kursula, P. / Ganter, M. / Panjikar, S. / Matuschewski, K. / Schueler, H.

履歴

登録	2008年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jkf.cif.gz	47.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jkf.ent.gz	34.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jkf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jkf_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jkf_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	2jkf_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	2jkf_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/2jkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/2jkf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jkgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3icu-d 2m7v-d 5kqb-d 6p6o-d 6md3-5 1soi-d 2jkg-d 6c2o-d 1v6f-d 3lgy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PROFILIN

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.440, 50.330, 86.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PROFILIN / CONSERVED PROTEIN 分子量: 20102.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 解説: CODONPLUSRIPL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I2J4, UniProt: P86294*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 2.2 M AMMONIUM SULFATE, PH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: RH-COATED SI MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→20 Å / Num. obs: 8883 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 36 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 2.31→2.37 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0077	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 17.058 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	446	5 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.204	8436	96.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1337	0	0	83	1420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	885
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.948	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.027	3	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.31	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.219	26.25	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.787	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.726	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.804	2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.453	3	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.107	4	527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.209	5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.238	30
R_work	0.185	524

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8104	-2.8255	1.8815	9.4225	-5.5976	8.9746	0.0251	0.1278	0.5144	0.0439	-0.0385	0.9478	-0.5418	-0.4507	0.0133	0.1303	0.023	-0.0237	0.2745	-0.0659	0.2127	-14.051	4.498	10.784
2	10.4199	-1.0657	-3.9464	6.4446	4.7317	4.9234	0.4351	0.3051	0.5167	-0.5733	-0.0923	0.1345	-0.5545	0.0633	-0.3429	0.1344	0.0075	-0.0504	0.1353	0.0429	0.0718	-2.716	6.003	5.396
3	24.1731	19.4711	15.5473	15.9972	12.1647	10.4095	1.2402	-0.0859	-0.4363	0.2795	-1.2697	2.2259	1.0816	-1.6265	0.0296	0.6106	-0.0854	0.0731	0.5016	-0.0301	0.7742	-8.165	8.29	25.291
4	12.4063	-3.7098	-2.8937	5.0015	1.0924	1.3084	-0.051	-0.2945	0.6617	0.1824	0.2107	-0.6299	-0.1478	0.5589	-0.1598	0.1952	-0.0212	-0.0309	0.31	-0.0251	0.1022	6.189	4.994	14.109
5	3.0091	-6.5036	1.0367	15.0585	-3.8549	3.0141	-0.0726	-0.5101	-0.2941	0.2093	0.0793	0.9534	0.3393	-0.2383	-0.0068	0.3128	-0.035	-0.0092	0.4441	-0.0155	0.33	21.978	-10.105	11.468
6	2.5378	-0.7963	-0.516	3.0864	2.1723	4.4315	-0.024	0.1497	-0.0587	-0.2177	0.0347	-0.315	-0.0447	0.1995	-0.0108	0.0464	-0.0168	-0.0059	0.1748	0.0199	0.0661	5.977	-5.538	4.83
7	18.15	3.0362	-3.4122	1.9174	0.7816	1.9392	-0.2069	0.4869	-1.0194	-0.5676	0.0975	-0.1327	0.1465	-0.0422	0.1094	0.1865	-0.0073	-0.0136	0.2427	0.0093	0.1303	-9.752	-10.936	-3.765
8	3.7268	-0.2737	1.8817	2.0948	-0.5195	7.5173	-0.0901	0.241	0.0533	-0.1896	0.1165	0.0912	-0.1361	-0.0109	-0.0264	0.036	0.0064	0.0086	0.1746	-0.0197	0.0184	-6.348	-5.127	3.209
9	3.7461	-0.0554	1.7	6.5997	-0.8164	1.7724	0.0431	-0.4199	-0.0962	0.3489	-0.0563	0.0316	0.1088	-0.3785	0.0132	0.0248	0.0093	0.0067	0.1776	-0.0269	0.0067	-10.522	-6.158	11.269
10	5.3259	-9.1455	3.8499	16.0888	-6.2223	3.176	0.287	0.5161	0.8422	-1.0198	-0.4473	0.3522	0.0815	-0.5935	0.1604	0.368	0.0002	-0.0199	0.398	0.0077	0.4213	-17.908	5.159	-6.616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	48 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	63 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	75 - 106
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	107 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	113 - 139
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	140 - 164
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	165 - 174

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