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- PDB-2jk5: Potassium Channel KcsA in complex with Tetrabutylammonium in high K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jk5
タイトルPotassium Channel KcsA in complex with Tetrabutylammonium in high K
要素
  • (ANTIBODY FAB FRAGMENT ...) x 2
  • VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
キーワードIMMUNE SYSTEM/METAL TRANSPORT / IMMUNE SYSTEM-METAL TRANSPORT COMPLEX / QUATERNARY AMMONIUM / PROTEIN-ANTIBODY FAB COMPLEX / IONIC CHANNEL / ION TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NONAN-1-OL / HEPTANE / : / (2S)-3-HYDROXY-2-(NONANOYLOXY)PROPYL LAURATE / TETRABUTYLAMMONIUM ION / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lenaeus, M.J. / Focia, P.J. / Wagner, T. / Gross, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structures of Kcsa in Complex with Symmetrical Quaternary Ammonium Compounds Reveal a Hydrophobic Binding Site.
著者: Lenaeus, M.J. / Burdette, D. / Wagner, T. / Focia, P.J. / Gross, A.
履歴
登録2008年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22014年9月3日Group: Database references
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
C: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,28014
ポリマ－60,0853
非ポリマー1,19511
水3,675204
1
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
C: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
C: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
C: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
C: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,11956
ポリマ－240,33812
非ポリマー4,78044
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area36390 Å2
ΔGint-204.5 kcal/mol
Surface area88000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.145, 156.145, 76.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1124-

CO

21C-1125-

K

31C-1126-

K

41C-1127-

K

51C-1128-

K

61C-1129-

K

71C-1130-

K

81C-1133-

TBA

91C-2048-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL / KCSA POTASSIUM CHANNEL


分子量: 13237.618 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-124 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 7種, 215分子

#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-F09 / NONAN-1-OL / 1-ノナノ-ル


分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O
#7: 化合物 ChemComp-L2C / (2S)-3-HYDROXY-2-(NONANOYLOXY)PROPYL LAURATE


分子量: 414.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O5
#8: 化合物 ChemComp-TBA / TETRABUTYLAMMONIUM ION / テトラブチルアンモニウム


分子量: 242.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36N
#9: 化合物 ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル


分子量: 100.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.4
詳細: 18-25%PEG400, 50 MM SODIUM ACETATE, 50 MM MAGNESIUM ACETATE, pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.977
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 35756 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.27
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0051精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K4C WITH SELECTIVITY FILTER AND IONS REMOVED

1k4c


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 6.809 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: SEVERAL DISORDERED REGIONS HAVE BEEN MODELED AS WATER (NEAR TRP B163, CHAIN C22-35, AND THE L2C MOLECULE).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1790 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.205 33912 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4050 0 70 204 4324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.9545891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0075550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40323.636165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38515645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8081522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6381.52714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17524401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47631604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4424.51490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 116
Rwork0.268 2468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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