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万見
- PDB-2jj3: Estrogen receptor beta ligand binding domain in complex with a Be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jj3
タイトルEstrogen receptor beta ligand binding domain in complex with a Benzopyran agonist
要素ESTROGEN RECEPTOR BETA
キーワードTRANSCRIPTION / PHOSPHORYLATION / STEROID-BINDING / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION REGULATION / ALTERNATIVE SPLICING / LIGAND BINDING DOMAIN / ZINC / NUCLEUS / RECEPTOR / ZINC-FINGER / DNA-BINDING / METAL-BINDING / LIPID-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JJ3 / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Norman, B.H. / Richardson, T.I. / Dodge, J.A. / Pfeifer, L.A. / Durst, G.L. / Wang, Y. / Durbin, J.D. / Krishnan, V. / Dinn, S.R. / Liu, S. ...Norman, B.H. / Richardson, T.I. / Dodge, J.A. / Pfeifer, L.A. / Durst, G.L. / Wang, Y. / Durbin, J.D. / Krishnan, V. / Dinn, S.R. / Liu, S. / Reilly, J.E. / Ryter, K.T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Benzopyrans as Selective Estrogen Receptor Beta Agonists (Serbas). Part 4: Functionalization of the Benzopyran A-Ring.
著者: Norman, B.H. / Richardson, T.I. / Dodge, J.A. / Pfeifer, L.A. / Durst, G.L. / Wang, Y. / Durbin, J.D. / Krishnan, V. / Dinn, S.R. / Liu, S. / Reilly, J.E. / Ryter, K.T.
履歴
登録2007年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
B: ESTROGEN RECEPTOR BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1104
ポリマ－58,4572
非ポリマー6532
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-27.1 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.409, 63.409, 248.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN RECEPTOR BETA / ER-BETA


分子量: 29228.648 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 256-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92731
#2: 化合物 ChemComp-JJ3 / (3AS,4R,9BR)-4-(4-HYDROXYPHENYL)-6-(METHOXYMETHYL)-1,2,3,3A,4,9B-HEXAHYDROCYCLOPENTA[C]CHROMEN-8-OL


分子量: 326.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 2M NACL, 9% PEG 6,000, 100MM TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→33.1 Å / Num. obs: 25114 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→33.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1012 4 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs-25114 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.4724 Å2 / ksol: 0.377125 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å22.68 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----1.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→33.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 48 62 3630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.522.5
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor%反射
Rfree0.325 3.7 %
Rwork0.295 -
obs-92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4LIG.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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