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万見
- PDB-2z4b: Estrogen receptor beta ligand-binding domain complexed to a benzo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z4b
タイトルEstrogen receptor beta ligand-binding domain complexed to a benzopyran ligand
要素Estrogen receptor beta
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DC8 / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Wang, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Benzopyrans as selective estrogen receptor beta agonists (SERBAs). Part 3: Synthesis of cyclopentanone and cyclohexanone intermediates for C-ring modification.
著者: Richardson, T.I. / Dodge, J.A. / Durst, G.L. / Pfeifer, L.A. / Shah, J. / Wang, Y. / Durbin, J.D. / Krishnan, V. / Norman, B.H.
履歴
登録2007年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Estrogen receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0944
ポリマ－58,4572
非ポリマー6372
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.523, 63.523, 250.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / ER-beta


分子量: 29228.648 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain (Residues 251-505) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92731
#2: 化合物 ChemComp-DC8 / (3AS,4R,9BR)-2,2-DIFLUORO-4-(4-HYDROXYPHENYL)-1,2,3,3A,4,9B-HEXAHYDROCYCLOPENTA[C]CHROMEN-8-OL / LY-3201


分子量: 318.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16F2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, pH 8.0, 2M sodium chloride, 4% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, temperature 289.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97943 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月24日
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→33.28 Å / Num. all: 24017 / Num. obs: 23820 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.34→2.48 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 3838 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2005精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→31.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1978978.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 868 3.6 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs-23820 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5159 Å2 / ksol: 0.365719 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å22.44 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----3.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→31.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3488 0 46 61 3595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.592.5
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 125 3.2 %
Rwork0.3 3822 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.pprotein.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.par
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5lig.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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