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- PDB-2jdz: Crystal structure of recombinant Dioclea guianensis lectin comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jdz
タイトルCrystal structure of recombinant Dioclea guianensis lectin complexed with 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-a-D-mannose
要素LECTIN ALPHA CHAIN
キーワードCARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / METAL-BINDING / LEGUME LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Chem-XMM / Lectin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種DIOCLEA GUIANENSIS (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nagano, C.S. / Sanz, L. / Cavada, B.S. / Calvete, J.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2008
タイトル: Insights Into the Structural Basis of the Ph-Dependent Dimer-Tetramer Equilibrium Through Crystallographic Analysis of Recombinant Diocleinae Lectins.
著者: Nagano, C.S. / Calvete, J.J. / Barettino, D. / Perez, A. / Cavada, B.S. / Sanz, L.
履歴
登録2007年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年8月29日Group: Database references / Other
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4899
ポリマ－25,6531
非ポリマー8368
水1,44180
1
A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子

A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子

A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子

A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,95736
ポリマ－102,6134
非ポリマー3,34332
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-62.4 kcal/mol
Surface area40320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.222, 89.222, 106.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 LECTIN ALPHA CHAIN / RDGUIA


分子量: 25653.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DIOCLEA GUIANENSIS (マメ科) / プラスミド: RDGUIA/PET32A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P81637
#5: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6

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非ポリマー , 4種, 87分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE AMINO ACID SEQUENCE DEDUCED FROM CDNA PRESENTS CONFLICTS WITH THE AMINO ACID SEQUENCE ...THE AMINO ACID SEQUENCE DEDUCED FROM CDNA PRESENTS CONFLICTS WITH THE AMINO ACID SEQUENCE DETERMINED BY DIRECT METHOD. THE DEDUCED SEQUENCE WAS CONFIRMED BY SEQUENCE OF ALL CLONES (FROM CDNA AND GENOMIC DNA). THE INSERTIONS AT N-TERMINAL ARE DUE THE NCOI RESTRICTION SITE OF THE PET-32A VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD USING 30% PEG 400, 0.1M MES, PH 6.5 AND 0.1M CDCL2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9308
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9308 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.1 Å / Num. obs: 12834 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H9P

1h9p


解像度: 2.1→34.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 12.673 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 971 7.6 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.2 11848 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 30 80 1871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.9642495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.195232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40924.44472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.61915270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.511157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2290.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4050.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8331.51181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45221883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2713741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4834.5612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 75 -
Rwork0.205 854 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.1149 Å / Origin y: 2.0047 Å / Origin z: 14.2788 Å
111213212223313233
T-0.1316 Å2-0.0232 Å2-0.0593 Å2--0.025 Å20.1177 Å2---0.0788 Å2
L2.2726 °20.2984 °20.0768 °2-1.8375 °2-0.6653 °2--1.9645 °2
S0.1263 Å °-0.1638 Å °-0.1089 Å °0.1464 Å °-0.375 Å °-0.3011 Å °-0.0839 Å °0.1979 Å °0.2487 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 239
2X-RAY DIFFRACTION1A240 - 248
3X-RAY DIFFRACTION1A249
4X-RAY DIFFRACTION1A2001 - 2080

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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