PDB-2j9u: 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j9u

タイトル

2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II

要素

VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 28
VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 36

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / ZINC-FINGER / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

ESCRT II complex / ESCRT I complex / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / protein targeting to vacuole / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gill, D.J. / Teo, H.L. / Sun, J. / Perisic, O. / Veprintsev, D.B. / Emr, S.D. / Williams, R.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Insight Into the Escrt-I/-II Link and its Role in Mvb Trafficking.
著者: Gill, D.J. / Teo, H.L. / Sun, J. / Perisic, O. / Veprintsev, D.B. / Emr, S.D. / Williams, R.L.

履歴

登録	2006年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j9u.cif.gz	73.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j9u.ent.gz	57.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j9u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2j9u_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j9u_full_validation.pdf.gz	467.6 KB	表示
XML形式データ	2j9u_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	2j9u_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2j9vC 2j9wC 1u5t 1w7p 2cay 2caz 2g3k C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ysj-3 3qdr-d 5o2y-d 6otd-d 1cr5-1 1vyk-d 6yxe-2 5ysk-4 3dlr-d 4chh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (2) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 28

B: VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 36

C: VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 28

D: VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 36

ヘテロ分子

39.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 28

B: VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 28

D: VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 36

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.645, 99.961, 115.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	148 - 241	2 - 95
2	1	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	148 - 241	2 - 95
1	2	VAL	VAL	CYS	CYS	B	B	115 - 161	15 - 61
2	2	VAL	VAL	CYS	CYS	D	D	115 - 161	15 - 61

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.464593, 0.019547, 0.885308), (-0.146287, 0.987714, 0.05496), (-0.873357, -0.155043, 0.461745)	7.3282, 22.0029, 10.3969
2	given	(0.464593, 0.019547, 0.885308), (-0.146287, 0.987714, 0.05496), (-0.873357, -0.155043, 0.461745)	7.3282, 22.0029, 10.3969

#1: タンパク質	VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 28 / VPS28 分子量: 11151.820 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 148-242 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: POPC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q02767
#2: タンパク質	VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 36 / VPS36 分子量: 8315.310 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 110-176 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: POPC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q06696
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	INITIAL METHIONINE NOT NATIVE TO VPS28 SEQUENCE MAH6 AFFINITY TAG AND VPS36 RESIDUES 162-176 WERE ...INITIAL METHIONINE NOT NATIVE TO VPS28 SEQUENCE MAH6 AFFINITY TAG AND VPS36 RESIDUES 162-176 WERE DISORDERED IN THIS STRUCTURE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化	pH: 7.4 / 詳細: 20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月14日 / 詳細: BENT MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI3 MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→55.47 Å / Num. obs: 32191 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.02 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.17 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ZN PEAK DATASET FROM NATIVE CRYSTAL

解像度: 2→32.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 7.221 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	1316	5 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.224	25086	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→32.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2242	0	2	51	2295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.974	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.143	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.533	25.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.836	15	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.852	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.353	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.595	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.239	1.5	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.55	2	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.97	3	955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.242	4.5	810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	769	tight positional	0.15	0.05
1	2	C	769	tight positional	0.15	0.05
2	1	B	352	tight positional	0.07	0.05
2	2	D	352	tight positional	0.07	0.05
1	1	A	769	tight thermal	0.32	0.5
1	2	C	769	tight thermal	0.32	0.5
2	1	B	352	tight thermal	0.4	0.5
2	2	D	352	tight thermal	0.4	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	98	-
R_work	0.241	1802	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6089	2.6205	5.2915	2.8347	2.6086	9.392	-0.0429	-0.0302	-0.0564	0.2741	-0.0754	-0.0619	0.453	0.1152	0.1182	0.0013	0.0402	0.0154	-0.0215	-0.0108	-0.0272	31.477	-9.959	16.331
2	12.9016	-3.9163	-0.1377	2.1443	-2.4224	6.357	0.1634	-0.2073	-0.4653	-0.0178	0.021	0.1432	0.4226	-0.0732	-0.1845	-0.0377	-0.0108	0.0127	-0.067	-0.015	-0.0643	21.698	-7.586	10.751
3	11.5413	-3.8361	-1.3565	8.1548	-2.7794	12.5705	0.3144	0.6259	-0.218	-0.4313	-0.162	0.2734	0.0568	-0.8904	-0.1525	-0.0452	-0.0049	-0.0281	0.0969	-0.0113	-0.0391	11.529	-4.81	4.638
4	17.623	-1.2952	4.1759	4.8408	-0.2413	7.6434	0.2402	-0.4516	-0.2095	0.1074	-0.282	0.6906	0.6422	-0.9376	0.0417	-0.0692	-0.0539	0.0187	0.2027	-0.0146	-0.0042	6.82	-5.524	13.93
5	13.8202	-2.5432	1.8253	0.4814	-0.1018	4.3333	-0.1059	-0.5263	-0.0583	0.16	0.2322	0.0161	0.1521	-0.1019	-0.1262	-0.0326	0.0159	0.0232	-0.0054	-0.0042	-0.0673	22.222	-4.881	19.21
6	15.5617	0	7.295	13.372	-6.0765	13.6465	-0.2025	-0.8234	0.7841	0.4223	0.3436	-0.9608	-0.3445	-0.0159	-0.1412	0.0652	-0.0206	-0.0472	-0.0616	-0.0638	-0.008	25.845	4.936	18.039
7	19.5373	-0.8215	0.7914	3.1698	-4.0412	5.1556	-0.06	-0.5972	0.2545	0.2758	0.1475	0.0924	-0.9184	-0.5013	-0.0875	0.0123	0.0706	0.0361	0.0287	-0.0305	-0.0579	14.348	5.091	17.956
8	35.3569	2.5665	1.2451	4.7986	2.3425	7.0521	-0.3853	-0.7615	0.6415	-0.0822	0.3584	0.1056	-0.4271	-0.9512	0.0268	-0.0586	0.0917	0.0448	0.2988	0.0896	-0.0419	4.926	2.624	20.2
9	0	18.1596	40.305	0	16.7359	30.1547	0.2178	1.0982	-0.3479	0.2794	-0.1041	0.4349	-0.1466	-2.0519	-0.1136	-0.1356	0.104	-0.011	0.3021	0.0732	0.0762	1.238	2.079	11.103
10	18.8666	3.0091	2.3365	6.4648	-5.4726	5.9984	0.0534	0.81	0.4551	0.2019	0.1791	-0.2145	-0.255	-0.9694	-0.2324	-0.0124	0.1152	0.064	0.1068	0.028	-0.0489	9.732	5.527	7.454
11	4.897	-2.117	1.3943	2.3132	1.0845	7.6253	0.3243	0.2754	0.2982	-0.1335	-0.1393	-0.1989	-0.1681	-0.5017	-0.1849	0.0141	0.0326	0.0266	-0.0329	0.0488	-0.0519	17.867	4.734	6.778
12	9.31	0	1.0732	8.7692	-5.4445	36.2076	-0.1218	-0.6903	0.121	0.012	-0.0092	0.101	-0.0103	-0.5768	0.131	-0.2124	0.0748	0.0352	-0.0113	-0.0085	-0.1889	17.805	-2.517	34.606
13	21.8116	19.942	0	46.7255	1.7308	28.3772	-0.8814	-0.277	0.3296	-0.4782	0.376	-1.4144	-1.2831	-2.0787	0.5054	-0.1389	0.225	0.0752	0.0951	-0.0487	-0.0371	15.68	1.801	33.619
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22	1.7251	0.853	-0.5385	2.1316	0.3687	5.6049	-0.1668	-0.0118	0.4482	-0.0827	0.2511	-0.1883	-0.154	0.3201	-0.0844	-0.0477	-0.0044	-0.031	-0.1036	-0.039	-0.0088
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27	19.5088	27.7769	-1.4497	0	10.8462	4.9613	0.1223	0.1766	0.8104	-0.1935	-0.1537	-0.1968	-0.8251	-0.8014	0.0313	0.0515	0.161	-0.072	-0.0668	-0.0637	0.076	18.453	26.127	4.307
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32	25.6088	-6.6947	-0.5379	16.3968	1.693	6.056	0.1575	-0.2765	-1.6975	1.797	-0.3224	-0.3806	0.6858	0.9086	0.1649	0.0624	0.0229	-0.2037	-0.125	0.1081	0.1638	50.082	9.367	14.688
33	14.4143	0	3.8398	25.5769	-9.4979	10.1414	0.2027	-0.8816	-0.3474	0.6344	-0.1406	0.7586	-0.1261	0.0427	-0.0622	-0.0709	-0.0155	-0.0545	-0.0299	-0.0797	-0.0955	39.534	16.457	14.494
34	26.2228	9.118	-3.6899	3.3072	0.18	16.1732	0.3017	0.2401	-1.229	0.3637	0.2233	-0.3862	0.406	0.8482	-0.5249	-0.1415	0.0807	-0.1184	-0.1856	-0.0804	0.0023	43.385	11.496	6.407
35	42.077	8.3147	16.1772	9.6836	6.1618	7.313	0.422	0.7261	-1.3309	0.119	-0.4954	-0.8018	0.3638	0.3498	0.0735	-0.1724	-0.0099	-0.0798	0.015	-0.0884	0.0805	51.724	15.695	7.34

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	148 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	155 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	163 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	171 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	181 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	193 - 199
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	200 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	208 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	214 - 221
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	222 - 226
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	227 - 232
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	115 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	123 - 128
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	129 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	135 - 140
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	141 - 152
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	153 - 161
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	148 - 152
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	153 - 169
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	170 - 174
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	175 - 183
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	184 - 192
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	193 - 197
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	198 - 205
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	206 - 210
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	211 - 221
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	222 - 226
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	227 - 232
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	233 - 241
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	115 - 123
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	124 - 129
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	130 - 137
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	138 - 148
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	149 - 154
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	155 - 161

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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