[日本語] English
万見
- PDB-2j8m: Structure of P. aeruginosa acetyltransferase PA4866 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j8m
タイトルStructure of P. aeruginosa acetyltransferase PA4866
要素ACETYLTRANSFERASE PA4866 FROM P. AERUGINOSA
キーワードTRANSFERASE / GCN5 FAMILY / PHOSPHINOTHRICIN / METHIONINE SULFONE / TRANSFERASE METHIONINE SULFOXIMINE / N-ACETYL TRANSFERASE / HYPOTHETICAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / L-methionine sulfoximine/L-methionine sulfone acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Davies, A.M. / Tata, R. / Beavil, R.L. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: L-Methionine Sulfoximine, But not Phosphinothricin, is a Substrate for an Acetyltransferase (Gene Pa4866) from Pseudomonas Aeruginosa: Structural and Functional Studies.
著者: Davies, A.M. / Tata, R. / Beavil, R.L. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
#1: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Putative Phosphinothricin Acetyltransferase (Pa4866) from Pseudomonas Aeruginosa Pac1
著者: Davies, A.M. / Tata, R. / Agha, R. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
履歴
登録2006年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Structure summary
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ACETYLTRANSFERASE PA4866 FROM P. AERUGINOSA
B: ACETYLTRANSFERASE PA4866 FROM P. AERUGINOSA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,44917
ポリマ－37,4642
非ポリマー98515
水10,178565
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.749, 56.868, 124.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.86014, 0.50103, 0.09557), (0.49681, 0.7805, 0.37947), (0.11554, 0.37387, -0.92026)
ベクター: 7.02829, -22.33545, 96.02102)

-
要素

#1: タンパク質 ACETYLTRANSFERASE PA4866 FROM P. AERUGINOSA


分子量: 18732.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAC1 (8602) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUU7
#2: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IN STRAIN PAC1, RESIDUE 47 IS ALA, AS OPPOSED TO THR IN STRAIN PAO1, SEQUENCE DISCREPANCY BETWEEN ...IN STRAIN PAC1, RESIDUE 47 IS ALA, AS OPPOSED TO THR IN STRAIN PAO1, SEQUENCE DISCREPANCY BETWEEN PAC1 AND PAO1.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 100MM SODIUM CACODYLATE AT PH 6.5 OR 100MM TRIS-HCL AT PH7.5, 18-22% (W/V) PEG 10 000 AND 0.1% (W/V) NAN3. PROTEIN CONCENTRATION OF ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 100MM SODIUM CACODYLATE AT PH 6.5 OR 100MM TRIS-HCL AT PH7.5, 18-22% (W/V) PEG 10 000 AND 0.1% (W/V) NAN3. PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG/ML. DROPS KEPT AT 291K.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→44.72 Å / Num. obs: 58095 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.44→1.48 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BL1

2bl1


解像度: 1.44→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: DISORDERED RESIDUES WERE MODELED AS ALA
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 2856 0.06 %RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.1994 58095 93.8 %-
溶媒の処理Bsol: 22.41 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.058 Å20 Å20 Å2
2---2.293 Å20 Å2
3----0.765 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.18 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2620 0 65 565 3250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.95
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.49 Å / Num. reflection Rfree: 290 / Num. reflection Rwork: 5347 / Total num. of bins used: 10
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3LIGAND.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る