PDB-6e46: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN INDOLEAMINE 2,3-DIOXYGENASE 1 (IDO1) i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6.0E+46

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN INDOLEAMINE 2,3-DIOXYGENASE 1 (IDO1) in complex with ferrous heme and tryptophan

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / IDO1 / substrate complex / ferrous state / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Luo, S. / Tong, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: High-resolution structures of inhibitor complexes of human indoleamine 2,3-dioxygenase 1 in a new crystal form.
著者: Luo, S. / Xu, K. / Xiang, S. / Chen, J. / Chen, C. / Guo, C. / Tong, Y. / Tong, L.

履歴

登録	2018年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e46.cif.gz	314.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e46.ent.gz	254.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/6e46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e40C 6e41C 6e42C 6e43C 6e44C 6e45C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2d0u-2 6azv-2 6e43-1 6kof-2 5ek2-1 6kps-2 6e44-4 2d0u-1 5wmx-1 6azu-2 6mq6-2 7a62-1 6cxu-1 6dpq-2 6cxu-2 6azw-2 5ek3-1 6e45-3 6wjy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.916, 197.189, 115.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 45300.898 Da / 分子数: 4 / 断片: residue 15-403 / 変異: K116A, K117A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M phosphate (pH 6.2), and 15% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→49.297 Å / Num. obs: 108099 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.964 % / B_iso Wilson estimate: 40.06 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1.262 / Net I/σ(I): 9.22 / Num. measured all: 536616

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.09-2.21	5.117	0.797	1.55	17077	0.79	0.887	98.3
2.21-2.37	5.128	0.5	2.52	16289	0.914	0.557	99.9
2.37-2.56	5.027	0.319	3.92	15201	0.964	0.356	99.9
2.56-2.8	4.753	0.203	6.05	14019	0.982	0.229	99.8
2.8-3.13	4.872	0.131	9.45	12728	0.991	0.147	99.7
3.13-3.61	5.135	0.083	15.56	11286	0.996	0.092	99.9
3.61-4.42	4.92	0.061	21.52	9606	0.996	0.068	99.8
4.42-6.23	4.589	0.052	22.38	7515	0.997	0.059	99.7
6.23-49.297	4.786	0.042	26.01	4378	0.998	0.047	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.09→49.297 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2474	5338	4.94 %
R_work	0.2075	-	-
obs	0.2095	107967	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.15 Å² / B_iso mean: 44.6973 Å² / B_iso min: 22.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.09→49.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11777	0	182	417	12376
B_iso mean	-	-	41.1	44.9	-
残基数	-	-	-	-	1497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	12325
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	16741
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2125
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.416	4489

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0877-2.1114	0.3783	162	0.3167	3112	3274	92
2.1114-2.1363	0.3274	176	0.3005	3388	3564	100
2.1363-2.1623	0.3239	178	0.2905	3416	3594	100
2.1623-2.1897	0.3439	175	0.2805	3368	3543	100
2.1897-2.2185	0.3139	174	0.2713	3438	3612	100
2.2185-2.2489	0.3039	184	0.2664	3355	3539	100
2.2489-2.281	0.3076	157	0.2578	3418	3575	100
2.281-2.3151	0.3049	175	0.2524	3398	3573	100
2.3151-2.3512	0.2761	182	0.2519	3435	3617	100
2.3512-2.3898	0.2848	187	0.2487	3342	3529	100
2.3898-2.431	0.295	166	0.2461	3428	3594	100
2.431-2.4752	0.2778	166	0.2453	3395	3561	100
2.4752-2.5228	0.2902	168	0.2394	3410	3578	100
2.5228-2.5743	0.2652	183	0.2329	3414	3597	100
2.5743-2.6303	0.2762	175	0.2357	3424	3599	99
2.6303-2.6915	0.259	181	0.2275	3384	3565	100
2.6915-2.7588	0.2542	170	0.2275	3442	3612	99
2.7588-2.8333	0.2733	175	0.2328	3380	3555	100
2.8333-2.9167	0.2813	161	0.2344	3442	3603	100
2.9167-3.0108	0.294	180	0.2297	3425	3605	100
3.0108-3.1184	0.3042	183	0.2342	3419	3602	100
3.1184-3.2433	0.2979	191	0.2257	3433	3624	100
3.2433-3.3908	0.2411	171	0.2164	3436	3607	100
3.3908-3.5696	0.2632	189	0.212	3448	3637	100
3.5696-3.7931	0.251	189	0.1974	3457	3646	100
3.7931-4.0859	0.2262	204	0.1749	3436	3640	100
4.0859-4.4968	0.2149	199	0.1672	3459	3658	100
4.4968-5.1469	0.1805	190	0.1634	3483	3673	100
5.1469-6.4822	0.2277	166	0.1843	3559	3725	100
6.4822-49.311	0.1598	181	0.1584	3685	3866	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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