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- PDB-6e41: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN INDOLEAMINE 2,3-DIOXYGENASE 1 (IDO1) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+41
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN INDOLEAMINE 2,3-DIOXYGENASE 1 (IDO1) in complex with ferric heme and an Epacadostat analog
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / IDO1 / Epacadostat analog / inhibitor complex / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle ... indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / positive regulation of type 2 immune response / L-tryptophan catabolic process / negative regulation of T cell apoptotic process / Tryptophan catabolism / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-HQS / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.291 Å
データ登録者Luo, S. / Tong, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: High-resolution structures of inhibitor complexes of human indoleamine 2,3-dioxygenase 1 in a new crystal form.
著者: Luo, S. / Xu, K. / Xiang, S. / Chen, J. / Chen, C. / Guo, C. / Tong, Y. / Tong, L.
履歴
登録2018年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,40114
ポリマ－181,2044
非ポリマー5,19810
水5,152286
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8284
ポリマ－45,3011
非ポリマー1,5273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3733
ポリマ－45,3011
非ポリマー1,0722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8284
ポリマ－45,3011
非ポリマー1,5273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3733
ポリマ－45,3011
非ポリマー1,0722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.916, 201.722, 114.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 45300.898 Da / 分子数: 4 / 断片: residue 15-403 / 変異: K116A, K117A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-HQS / N-(3-bromo-4-fluorophenyl)-N'-hydroxy-4-{[2-(sulfamoylamino)ethyl]sulfanyl}-1,2,5-oxadiazole-3-carboximidamide


分子量: 455.283 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12BrFN6O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M phosphate (pH 6.2), and 15% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→55.25 Å / Num. obs: 83301 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.911 % / Biso Wilson estimate: 42.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.218 / Net I/σ(I): 9.68 / Num. measured all: 409102
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.29-2.435.080.7031.82126380.8440.78492.9
2.43-2.65.0470.4812.72125960.9190.53798.3
2.6-2.814.730.3164.13117650.9640.35598.2
2.81-3.074.8630.2036.48108560.9850.22798.7
3.07-3.435.0450.12210.698710.9940.13598.6
3.43-3.964.9940.07716.7587630.9960.08598.6
3.96-4.854.7540.05821.5274980.9980.06599.1
4.85-6.834.6150.05321.0258830.9970.05998.9
6.83-55.254.8180.03727.3334310.9990.04198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.291→55.25 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 4121 4.96 %
Rwork0.2031 79030 -
obs0.2055 83151 97.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.61 Å2 / Biso mean: 48.4843 Å2 / Biso min: 26.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.291→55.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11888 0 322 286 12496
Biso mean--50.49 46.85 -
残基数----1507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01512552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33517064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.6184578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2913-2.31830.3629960.30672063215974
2.3183-2.34650.3511430.29332655279898
2.3465-2.37620.3371530.2962710286398
2.3762-2.40750.32051500.28752694284498
2.4075-2.44050.31391330.28052728286198
2.4405-2.47530.34081380.27412701283999
2.4753-2.51230.33631170.26872767288498
2.5123-2.55150.32091490.2682672282198
2.5515-2.59340.34541380.27262733287199
2.5934-2.63810.30551420.25212726286899
2.6381-2.68610.31481470.24552718286598
2.6861-2.73770.27691330.24472714284798
2.7377-2.79360.27361280.23282760288898
2.7936-2.85430.29931320.24212710284299
2.8543-2.92070.27941510.23832734288598
2.9207-2.99380.23871310.22562750288199
2.9938-3.07470.29561550.22852708286398
3.0747-3.16520.32431270.22692749287699
3.1652-3.26730.26881610.23152747290898
3.2673-3.38410.27781410.22042734287598
3.3841-3.51960.27681340.21222786292099
3.5196-3.67970.25651660.20222760292699
3.6797-3.87370.22721430.17962740288398
3.8737-4.11630.21131750.16492750292599
4.1163-4.4340.19951520.15562787293999
4.434-4.880.20471700.1542781295199
4.88-5.58550.22471390.17012827296699
5.5855-7.03490.22211410.18342870301199
7.0349-55.26580.17341360.15492956309297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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