[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6gm5: [FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii,variant E141A -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gm5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | [FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii,variant E141A | ||||||
![]() | Fe-hydrogenase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Hydrogenase / H-cluster / apo-form | ||||||
Function / homology | ![]() 1.18.99.1 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Duan, J. / Engelbrecht, V. / Esselborn, J. / Hofmann, E. / Winkler, M. / Happe, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystallographic and spectroscopic assignment of the proton transfer pathway in [FeFe]-hydrogenases. Authors: Duan, J. / Senger, M. / Esselborn, J. / Engelbrecht, V. / Wittkamp, F. / Apfel, U.P. / Hofmann, E. / Stripp, S.T. / Happe, T. / Winkler, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 110.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 80.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 440.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6glyC ![]() 6glzC ![]() 6gm0C ![]() 6gm1C ![]() 6gm2C ![]() 6gm3C ![]() 6gm4C ![]() 6gm6C ![]() 6gm7C ![]() 6gm8C ![]() 3lx4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 48819.684 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: apo enzyme / Mutation: E141A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: hyd1, HYD1, hydA, hydA1, CHLRE_03g199800v5, CHLREDRAFT_183963 Plasmid: pET21b / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Chemical | ChemComp-NA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.2 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 11% PEG 4000, 0.5 M NaCl,0.1 M MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.972958 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→48 Å / Num. obs: 79955 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 18.38 % / Biso Wilson estimate: 17.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 22.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3LX4 Resolution: 1.45→47.999 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 18.98
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.89 Å2 / Biso mean: 26.2838 Å2 / Biso min: 9.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→47.999 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
|