PDB-6wjy: HUMAN IDO1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 4-A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wjy

タイトル

HUMAN IDO1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 4-A

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / INDOLEAMINE DIOXYGENASE / HEME / INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / smooth muscle contractile fiber / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Lesburg, C.A. / Lammens, A. / Neumann, L.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Potent and Orally Available Bicyclo[1.1.1]pentane-Derived Indoleamine-2,3-dioxygenase 1 (IDO1) Inhibitors.
著者: Pu, Q. / Zhang, H. / Guo, L. / Cheng, M. / Doty, A.C. / Ferguson, H. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / McGowan, M.A. / Miller, J.R. / Geda, P. / Song, X. / Otte, K. / Sciammetta, N. / Solban, N. ...

履歴

登録	2020年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wjy.cif.gz	329.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wjy.ent.gz	268.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wjy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wjy_validation.pdf.gz	952.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wjy_full_validation.pdf.gz	954.5 KB	表示
XML形式データ	6wjy_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	6wjy_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4u72-1 5wmu-1 6e45-4 4u74-1 6ubp-1 5wn8-1 6e41-1 6ubp-2 6o3i-2 6pz1-2 6azv-1 4qfu-11 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.128, 91.433, 128.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 44355.102 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL TRUNCATED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-U41 / 3-chloro-N-(3-{(2S)-1-[(4-fluorophenyl)amino]-1-oxopropan-2-yl}bicyclo[1.1.1]pentan-1-yl)benzamide 分子量: 386.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀ClFN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 mM Tris, 16% (w/v) PEG4000, 0.2 M NH4OAc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→74.52 Å / Num. obs: 75740 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.043 / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 17.57
反射シェル	解像度: 1.91→2.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 23514 / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.49 / R_sym value: 0.427 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: previously solved complex

解像度: 1.91→74.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 7.101 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.122
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2076	2093	2.8 %	RANDOM
R_work	0.1796	-	-	-
obs	0.1804	73640	96.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.5 Å² / B_iso mean: 46.657 Å² / B_iso min: 26.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.91→74.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5946	0	54	492	6492
B_iso mean	-	-	33.65	50.47	-
残基数	-	-	-	-	750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.195	1.975	8597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.946	3	13355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.323	5	799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.414	24.234	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.978	15	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.215	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.141	0.2	5633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.131	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.189	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	17

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.96 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	154	-
R_work	0.293	5478	-
all	-	5632	-
obs	-	-	98.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1077	-0.634	-1.4263	2.4711	0.9309	2.7422	-0.0837	0.2806	-0.4032	0.0209	-0.2635	0.5347	0.2664	-0.7035	0.3472	0.0335	-0.0426	0.01	0.3678	-0.0658	0.3318	41.831	42.824	17.88
2	2.6907	-0.4437	-1.2998	1.4912	0.6717	2.2637	-0.0751	0.0559	-0.1807	-0.015	-0.1101	0.0478	0.1436	-0.1286	0.1852	0.016	0.0102	-0.0039	0.1225	-0.0034	0.1438	61.16	44.116	12.711
3	3.2979	-1.9501	-0.4942	4.7549	1.9269	3.4349	-0.0175	-0.3959	0.2111	0.1429	0.1381	-0.1969	-0.0199	0.2928	-0.1206	0.013	-0.0107	-0.0294	0.1348	-0.014	0.1574	71.103	53.365	20.38
4	3.6303	0.548	0.8559	1.8602	0.2097	1.4075	-0.1849	0.413	0.0829	-0.1307	0.0528	-0.2638	-0.1488	0.4039	0.132	0.0273	-0.0454	-0.0192	0.1814	0.0893	0.2232	91.045	21.97	26.039
5	2.6422	0.8557	1.2192	1.0779	0.2634	1.5851	-0.1705	0.155	0.0826	-0.0716	0.0208	0.0425	-0.0875	0.07	0.1496	0.0127	-0.0198	-0.0153	0.104	0.0454	0.1474	71.757	16.18	22.746
6	5.2005	-1.3882	2.9835	1.762	-1.1212	4.1716	-0.132	-0.6814	0.0982	0.3562	-0.0189	0.0546	-0.1849	-0.474	0.1509	0.0816	-0.0312	0.031	0.168	0.0084	0.1697	62.2	12.38	34.809

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 335
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	336 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	11 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	108 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	336 - 403

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関連情報:EMDBヘッダ

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