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万見
- PDB-2j7l: E. coli P Pilus chaperone PapD in complex with a pilus biogenesis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j7l
タイトルE. coli P Pilus chaperone PapD in complex with a pilus biogenesis inhibitor, pilicide 2c
要素CHAPERONE PROTEIN PAPD
キーワードCHAPERONE/SURFACE ACTIVE PROTEIN / FIMBRIA / INHIBITOR / CHAPERONE / PERIPLASMIC / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / CHAPERONE-SURFACE ACTIVE PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily ...Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XC2 / Chaperone protein PapD
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Remaut, H. / Pinkner, J.S. / Hultgren, S.J. / Almqvist, F. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Rationally Designed Small Compounds Inhibit Pilus Biogenesis in Uropathogenic Bacteria.
著者: Pinkner, J.S. / Remaut, H. / Buelens, F. / Miller, E. / Aberg, V. / Pemberton, N. / Hedenstrom, M. / Larsson, A. / Seed, P. / Waksman, G. / Hultgren, S.J. / Almqvist, F.
履歴
登録2006年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHAPERONE PROTEIN PAPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0522
ポリマ－24,5761
非ポリマー4771
水93752
1
A: CHAPERONE PROTEIN PAPD
ヘテロ分子

A: CHAPERONE PROTEIN PAPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1054
ポリマ－49,1522
非ポリマー9532
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.315, 94.315, 121.992
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 CHAPERONE PROTEIN PAPD / PAPD


分子量: 24575.869 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: J96 / プラスミド: PMMB91 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P15319
#2: 化合物 ChemComp-XC2 / (3R)-8-CYCLOPROPYL-6-(MORPHOLIN-4-YLMETHYL)-7-(1-NAPHTHYLMETHYL)-5-OXO-2,3-DIHYDRO-5H-[1,3]THIAZOLO[3,2-A]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID / 6-(モルホリノメチル)-7-(1-ナフチルメチル)-8-シクロプロピル-5-オキソ-2,3-ジヒドロ-5H-チアゾロ(以下略)


分子量: 476.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28N2O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 %
結晶化pH: 6
詳細: 16 % PEG 4000, 100MM TRIS HCL PH 8.5 AND 200 MM LI2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9756
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 20651 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QPP

1qpp


解像度: 2.6→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2726 512 5 %RANDOM
Rwork0.2324 ---
obs0.2324 9815 95.1 %-
溶媒の処理Bsol: 45.463 Å2 / ksol: 0.343506 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.926 Å2-7.157 Å20 Å2
2---14.926 Å20 Å2
3---29.852 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 34 52 1750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008812
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25549
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4772
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2442.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5P-048.PARAMP-048.TOPOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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