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万見
- PDB-2j5r: 2.25 A resolution structure of the wild type malate dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5r
タイトル2.25 A resolution structure of the wild type malate dehydrogenase from Haloarcula marismortui after second radiation burn (radiation damage series)
要素MALATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD / HALOPHILE / RADIATION DAMAGE / MALATE DEHYDROGENASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal ...: / Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Fioravanti, E. / Vellieux, F.M.D. / Amara, P. / Madern, D. / Weik, M.
引用
ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2007
タイトル: Specific Radiation Damage to Acidic Residues and its Relation to Their Chemical and Structural Environment.
著者: Fioravanti, E. / Vellieux, F.M.D. / Amara, P. / Madern, D. / Weik, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Oligomeric States of Haloarcula Marismortui Malate Dehydrogenase are Modulated by Solvent Components as Shown by Crystallographic and Biochemical Studies
著者: Irimia, A. / Ebel, C. / Madern, D. / Richard, S.B. / Cosenza, L.W. / Zaccai, G. / D Vellieux, F.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Halophilic Adaptation: Novel Solvent Protein Interactions Observed in the 2.9 And 2.6 A Resolution Structures of the Wild Type and a Mutant of Malate Dehydrogenase from Haloarcula Marismortui
著者: Richard, S.B. / Madern, D. / Garcin, E. / Zaccai, G.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Structural Features that Stabilize Halophilic Malate-Dehydrogenase from an Archaebacterium.
著者: Dym, O. / Mevarech, M. / Sussman, J.L.
履歴
登録2006年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALATE DEHYDROGENASE
B: MALATE DEHYDROGENASE
C: MALATE DEHYDROGENASE
D: MALATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,63512
ポリマ－131,3514
非ポリマー2848
水18,4291023
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)127.377, 114.574, 124.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
MALATE DEHYDROGENASE


分子量: 32837.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 株: HMS174 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07841, malate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1023 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3UL OF PROTEIN PLUS 4UL OF MPD WERE EQUILIBRATED AGAINST 58% MPD VIA THE SITTING DROP REVERSE VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUE, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.939
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON (1 1 1) CHANNEL- CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 81346 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.716 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O6Z

1o6z


解像度: 2.25→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: SIDE CHAINS ATOMS WITHOUT ELECTRON DENSITY APPEARING AT 1 SIGMA LEVEL IN 3MFO-2DFC MAPS WERE REMOVED FROM THE MODEL.RESIDUES IN POSITION 100-107 WERE EXCLUDED FROM THE MODEL OF MONOMERS B AND ...詳細: SIDE CHAINS ATOMS WITHOUT ELECTRON DENSITY APPEARING AT 1 SIGMA LEVEL IN 3MFO-2DFC MAPS WERE REMOVED FROM THE MODEL.RESIDUES IN POSITION 100-107 WERE EXCLUDED FROM THE MODEL OF MONOMERS B AND D BECAUSE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 4084 4.8 %RANDOM
Rwork0.2199 ---
obs0.2199 81346 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.4431 Å2 / ksol: 0.383728 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.3193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.1 Å20 Å2-0.194 Å2
2--1.712 Å20 Å2
3---7.388 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9051 0 8 1023 10082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43407
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.9581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.8262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.2052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.3672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 345 4.11 %
Rwork0.2625 7234 -
obs--90.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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