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万見
- PDB-2izv: CRYSTAL STRUCTURE OF SOCS-4 IN COMPLEX WITH ELONGIN-B AND ELONGIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2izv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SOCS-4 IN COMPLEX WITH ELONGIN-B AND ELONGIN-C AT 2.55A RESOLUTION
要素
  • (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ...) x 2
  • SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALING 4
キーワードTRANSCRIPTION / SIGNAL TRANSDUCTION INHIBITOR / GROWTH REGULATION / SIGNAL TRANSDUCTION / SH2 DOMAIN / NUCLEAR PROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation ...negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SOCS4, SH2 domain / SOCS4, SOCS box domain / SOCS4/SOCS5 domain / Suppressor of cytokine signalling / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box ...SOCS4, SH2 domain / SOCS4, SOCS box domain / SOCS4/SOCS5 domain / Suppressor of cytokine signalling / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongin-C / Elongin-B / Suppressor of cytokine signaling 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Papagrigoriou, E. / Turnbull, A. / Pike, A.C.W. / Gorrec, F. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. ...Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Papagrigoriou, E. / Turnbull, A. / Pike, A.C.W. / Gorrec, F. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure of the SOCS4-ElonginB/C complex reveals a distinct SOCS box interface and the molecular basis for SOCS-dependent EGFR degradation.
著者: Bullock, A.N. / Rodriguez, M.C. / Debreczeni, J.E. / Songyang, Z. / Knapp, S.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALING 4
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
C: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9806
ポリマ－45,8593
非ポリマー1213
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.770, 154.770, 67.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALING 4 / SOCS-4 ELONGIN B / C COMPLEX / SOCS-4 / SOCS-7 / SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALING 7


分子量: 21736.711 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 274-437 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q8WXH5

-
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18 / ELONGIN B / ELOB / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15 / ELONGIN-C / ELOC / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q15369

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非ポリマー , 4種, 116分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150 UL SITTING DROP 2M NACL 10% PEK6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.8984
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→44.68 Å / Num. obs: 19724 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.71 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.14
反射 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 1.72 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C9W

2c9w


解像度: 2.55→77.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 13.503 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1000 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.175 18723 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å2-0.61 Å20 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3---1.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→77.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 6 113 2925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9713910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00634791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5535349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.78523.465127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.15515476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0921516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02596
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.21397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.295
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2170.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.51851774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.29572881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.00291131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.759111029
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.308 69
Rwork0.274 1358
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90310.81460.10392.67570.03031.03060.0394-0.2001-0.10570.2938-0.0036-0.01990.0146-0.0199-0.0358-0.01270.0407-0.0385-0.00860.0516-0.05358.5008-16.113861.5944
20.5906-0.203-0.97013.75990.66111.62250.1165-0.19750.124-0.20940.011-0.3413-0.10420.0249-0.1274-0.04570.0241-0.0087-0.0571-0.02490.013821.2349-6.527547.1676
32.309-1.6996-1.69513.0441.94041.86460.05120.1284-0.1869-0.2321-0.16230.0169-0.0674-0.10620.1111-0.08540.02750.0156-0.09740.0214-0.040335.1863-29.759127.7502
42.5625-0.4579-0.24971.87080.15852.22590.10760.08540.1179-0.3384-0.11580.0085-0.0863-0.08930.0082-0.03230.0621-0.0006-0.11560.0204-0.049223.639-16.859132.2935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A267 - 383
2X-RAY DIFFRACTION1A422 - 429
3X-RAY DIFFRACTION2A384 - 421
4X-RAY DIFFRACTION3B2 - 104
5X-RAY DIFFRACTION4C17 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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