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- PDB-2iwi: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PIM2 IN COMPLEX WITH A RUTHENIUM O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iwi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PIM2 IN COMPLEX WITH A RUTHENIUM ORGANOMETALLIC LIGAND RU1
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-2
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PIM2 / KINASE / CANCER / LEUKEMIA / ATP-BINDING / PROTO-ONCOGENE / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of autophagy / regulation of mitotic cell cycle / macroautophagy / response to virus / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase ...apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of autophagy / regulation of mitotic cell cycle / macroautophagy / response to virus / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RUTHENIUM-PYRIDOCARBAZOLE-1 / Serine/threonine-protein kinase pim-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Russo, S. / Debreczeni, J.E. / Amos, A. / Bullock, A.N. / Fedorov, O. / Niesen, F. / Sobott, F. / Turnbull, A. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. ...Russo, S. / Debreczeni, J.E. / Amos, A. / Bullock, A.N. / Fedorov, O. / Niesen, F. / Sobott, F. / Turnbull, A. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Papagrigoriou, E. / Bunkoczi, G. / Gorrec, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Knapp, S.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the PIM2 kinase in complex with an organoruthenium inhibitor.
著者: Bullock, A.N. / Russo, S. / Amos, A. / Pagano, N. / Bregman, H. / Debreczeni, J.E. / Lee, W.H. / von Delft, F. / Meggers, E. / Knapp, S.
履歴
登録2006年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-2
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5944
ポリマ－68,6332
非ポリマー9612
水00
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7972
ポリマ－34,3161
非ポリマー4801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7972
ポリマ－34,3161
非ポリマー4801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)153.070, 153.070, 78.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A32 - 287
2113B32 - 287
1124A1289
2124B1289

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.94987, 0.28264, -0.13363), (0.29234, -0.65149, 0.70007), (0.11081, -0.70404, -0.70146)
ベクター: -19.34309, 66.53331, 49.99966)

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-2 / HUMAN PIM2 / PIM-2H


分子量: 34316.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
参照: UniProt: Q9P1W9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-HB1 / RUTHENIUM-PYRIDOCARBAZOLE-1


分子量: 480.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H13N3O3Ru

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5 UL SITTING DROPS, 1.6 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.19 Å / Num. obs: 16854 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.23
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XWS

1xws


解像度: 2.8→76.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 47.383 / SU ML: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.485 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 834 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.244 15818 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.73 Å2-2.87 Å20 Å2
2---5.73 Å20 Å2
3---8.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→76.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3686 0 60 0 3746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2652.0015352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92336191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8465488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.222.886149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.29615538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1791523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.22585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21992
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.295
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4231.52508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69923919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.79331815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2564.51382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1374tight positional0.040.05
21A43medium positional0.030.5
22B43medium positional0.030.5
11A1543loose positional0.425
11A1374tight thermal2.9115
21A43medium thermal1.812
22B43medium thermal1.812
11A1543loose thermal3.1415
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.422 60
Rwork0.336 1163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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