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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ivb | ||||||
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タイトル | SITE DIRECTED MUTAGENESIS OF KEY RESIDUES INVOLVED IN THE CATALYTIC MECHANISM OF CYANASE | ||||||
![]() | CYANATE HYDRATASE | ||||||
![]() | LYASE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / MCSG / CYANATE DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guilloton, M. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Anderson, P.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Twin Set of Low Pka Arginines Ensures the Concerted Acid Base Catalytic Mechanism of Cyanase 著者: Guilloton, M. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Anderson, P.M. #1: ![]() タイトル: Structure of Cyanase Reveals that a Novel Dimeric and Decameric Arrangement of Subunits is Required for Formation of the Enzyme Active Site. 著者: Walsh, M.A. / Otwinowski, Z. / Perrakis, A. / Anderson, P.M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 366.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 300.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE ENZYME IS A DECAMER MADE UP OF 5 DIMERS. 4 SUBUNITSCONTRIBUTE TO MAKING UP THE 5 ACTIVE SITES OF THISDECAMERIC ENZYME.THE DECAMER COULD BE VISUALIZED AS JI/CH/GE/FB/DA DIMERS. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17051.793 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-AZI / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CATALYZES THE REACTION OF CYANATE WITH BICARBONATE TO PRODUCE AMMONIA AND CARBON DIOXIDE. ...CATALYZES THE REACTION OF CYANATE WITH BICARBONAT | 配列の詳細 | SERINE 122 MUTATED TO ALANINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM 50% AMMONIUM SULPHATE SOLUTIONS BUFFERED WITH 50MM NAKPO4, PH 7.3, AND IN THE PRESENCE OF 50 MM TRIC/HCL, PH =7.3. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→75 Å / Num. obs: 115164 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 84.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DW9 解像度: 1.95→75.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.365 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→75.38 Å
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拘束条件 |
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