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- PDB-2iq7: Crystal structure of the polygalacturonase from Colletotrichum lu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iq7
タイトルCrystal structure of the polygalacturonase from Colletotrichum lupini and its implications for the interaction with polygalacturonase-inhibiting proteins
要素endopolygalacturonase
キーワードHYDROLASE / parallel beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-polygalacturonase / polygalacturonase activity / pectin catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Polygalacturonase active site. / Glycoside hydrolase, family 28 / Glycosyl hydrolases family 28 / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor ...: / Polygalacturonase active site. / Glycoside hydrolase, family 28 / Glycosyl hydrolases family 28 / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / endo-polygalacturonase
類似検索 - 構成要素
生物種Colletotrichum lupini (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Bonivento, D. / Federici, L. / Matteo, A.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the endopolygalacturonase from the phytopathogenic fungus Colletotrichum lupini and its interaction with polygalacturonase-inhibiting proteins
著者: Bonivento, D. / Pontiggia, D. / Matteo, A.D. / Fernandez-Recio, J. / Salvi, G. / Tsernoglou, D. / Cervone, F. / Lorenzo, G.D. / Federici, L.
履歴
登録2006年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP SEQUENCE DATABASE. HOWEVER, THE SEQUENCE HAS BEEN SUBMITTED TO GENEBANK.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endopolygalacturonase
B: endopolygalacturonase
C: endopolygalacturonase
D: endopolygalacturonase
E: endopolygalacturonase
F: endopolygalacturonase
G: endopolygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,66024
ポリマ－239,4977
非ポリマー5,16317
水43,9212438
1
A: endopolygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4813
ポリマ－34,2141
非ポリマー1,2672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: endopolygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9995
ポリマ－34,2141
非ポリマー7854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: endopolygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8323
ポリマ－34,2141
非ポリマー6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: endopolygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8323
ポリマ－34,2141
非ポリマー6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: endopolygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9394
ポリマ－34,2141
非ポリマー7253
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: endopolygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9394
ポリマ－34,2141
非ポリマー7253
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: endopolygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6382
ポリマ－34,2141
非ポリマー4241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.640, 127.266, 205.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細seven monomers are present in the asymmetric unit, each representing a biological unit

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要素

-
タンパク質 , 1種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
endopolygalacturonase


分子量: 34213.848 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colletotrichum lupini (菌類) / 参照: UniProt: A1E266, endo-polygalacturonase

-
糖 , 2種, 7分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 2448分子

#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 24% PEG3000, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→105.41 Å / Num. all: 165995 / Num. obs: 165995 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Num. unique all: 16003 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CZF

1czf


解像度: 1.94→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.516 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19619 8252 5 %RANDOM
Rwork0.15182 ---
obs0.15407 155991 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16781 0 322 2438 19541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02217602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.95323965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36352443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.05825.939554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.284152704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7651521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.28360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.211905
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.22126
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5581.511942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92218784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72436422
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6744.55142
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.993 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 580 -
Rwork0.174 11137 -
obs--96.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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