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- PDB-2ilm: Factor Inhibiting HIF-1 Alpha D201A Mutant in Complex with FE(II)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ilm
タイトルFactor Inhibiting HIF-1 Alpha D201A Mutant in Complex with FE(II), Alpha-Ketoglutarate and HIF-1 Alpha 35mer
要素(Hypoxia-inducible factor 1 ...) x 2
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / OXIDOREDUCTASE / FIH / HIF / DSBH / OXYGENASE / TRANSCRIPTION / HYPOXIA / INHIBITOR 2-OXOGLUTARATE / ASPARAGINYL HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / positive regulation of nitric oxide metabolic process / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / positive regulation of nitric oxide metabolic process / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / negative regulation of growth / positive regulation of hormone biosynthetic process / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / regulation of protein neddylation / negative regulation of bone mineralization / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / B-1 B cell homeostasis / positive regulation of vasculogenesis / vascular endothelial growth factor production / carboxylic acid binding / ankyrin repeat binding / dopaminergic neuron differentiation / transcription regulator activator activity / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / negative regulation of thymocyte apoptotic process / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Notch binding / response to iron ion / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / oxygen sensor activity / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / motile cilium / DNA-binding transcription repressor activity / PTK6 promotes HIF1A stabilization / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of neuroblast proliferation / digestive tract morphogenesis / DNA-binding transcription activator activity / axonal transport of mitochondrion / bone mineralization / heart looping / response to muscle activity / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / TOR signaling / outflow tract morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of epithelial cell migration / cellular response to interleukin-1 / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of Notch signaling pathway / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / chondrocyte differentiation / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of chemokine production / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / axon cytoplasm / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of glycolytic process / response to reactive oxygen species / nuclear receptor binding / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / ferrous iron binding / euchromatin / visual learning / cerebral cortex development / cellular response to virus
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / PAS fold-3 / PAS fold / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / BICARBONATE ION / : / Hypoxia-inducible factor 1-alpha / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS WITH 1H2N / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mcdonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Evidence that two enzyme-derived histidine ligands are sufficient for iron binding and catalysis by factor inhibiting HIF (FIH).
著者: Hewitson, K.S. / Holmes, S.L. / Ehrismann, D. / Hardy, A.P. / Chowdhury, R. / Schofield, C.J. / McDonough, M.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of Factor-Inhibiting Hypoxia-Inducible Factor (Hif) Reveals Mechanism of Oxidative Modification of Hif-1 Alpha
著者: Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / Mcneill, L.A. / Seibel, J.F. / Schlemminger, I. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Selective inhibition of Factor Inhibiting Hypoxia inducible factor
著者: McDonough, M.A. / McNeill, L.A. / Tilliet, M. / Papamicael, C.A. / Chen, Q.Y. / Banerji, B. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J.
履歴
登録2006年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor
S: Hypoxia-inducible factor 1 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,52310
ポリマ－44,7912
非ポリマー7318
水3,153175
1
A: Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor
S: Hypoxia-inducible factor 1 alpha
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor
S: Hypoxia-inducible factor 1 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,04520
ポリマ－89,5824
非ポリマー1,46316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area7940 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.531, 86.531, 147.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Hypoxia-inducible factor 1 ... , 2種, 2分子 AS

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1 alpha inhibitor / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1


分子量: 40284.273 Da / 分子数: 1 / 変異: D201A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN / プラスミド: PET28A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NWT6, peptide-aspartate beta-dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1 alpha / HIF-1 alpha / HIF1 alpha / ARNT- interacting protein / Member of PAS protein 1 / MOP1


分子量: 4506.937 Da / 分子数: 1 / Fragment: CTAD / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE FRAGMENT OF HIF-1 ALPHA / 参照: UniProt: Q16665

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非ポリマー , 6種, 183分子

#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#6: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
解説: REJECTION CRITERIA AS REJECTION PROBABILITY, REJECTION
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5 ARGON ATMOSPHERE, 14MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II)SO4, 1MM ALPHA-KETOGLUTARATE, 1MM HIF-1ALPHA PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, ...詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5 ARGON ATMOSPHERE, 14MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II)SO4, 1MM ALPHA-KETOGLUTARATE, 1MM HIF-1ALPHA PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月21日 / 詳細: BENT + TOROIDAL
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.27 Å / Num. obs: 25664 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.4654 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Rsym value: 0.3925 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH 1H2N
開始モデル: 1H2N

1h2n


解像度: 2.3→43.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 190630.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. The bicarbonate ion is a provisional assignment based on observed electron density. This molecule was not confirmed as being present in the crystallization solution.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 2410 9.9 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 24359 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 109.367 Å2 / ksol: 0.367653 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.71 Å20 Å20 Å2
2---3.71 Å20 Å2
3---7.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2692 0 43 175 2910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 345 9.7 %
Rwork0.346 3208 -
obs--84.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gol.pargol.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION52og.par2og.top
X-RAY DIFFRACTION6bct.parbct.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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