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- PDB-2ii7: Anabaena sensory rhodopsin transducer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ii7
タイトルAnabaena sensory rhodopsin transducer
要素Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / rhodopsin / transducer
機能・相同性TM1070-like / Anabaena sensory rhodopsin transducer / TM1070-like superfamily / Anabaena sensory rhodopsin transducer / Hypothetical Protein Tm1070; Chain: A / Sandwich / Mainly Beta / Alr3166 protein
機能・相同性情報
生物種Anabaena sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vogeley, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the anabaena sensory rhodopsin transducer.
著者: Vogeley, L. / Trivedi, V.D. / Sineshchekov, O.A. / Spudich, E.N. / Spudich, J.L. / Luecke, H.
履歴
登録2006年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
B: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
C: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
D: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
E: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
F: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
G: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
H: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6358
ポリマ－117,6358
非ポリマー00
水27015
1
A: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
B: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
F: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
H: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8174
ポリマ－58,8174
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
2
C: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
D: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
E: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein
G: Anabaena sensory rhodopsin transducer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8174
ポリマ－58,8174
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.833, 122.328, 130.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Anabaena sensory rhodopsin transducer protein


分子量: 14704.335 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / プラスミド: pKJ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8YSC3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM sodium acetate, 10% (w/v) PEG 4000, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.1 Å / Num. obs: 32009 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 4.41 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 7.6 / Scaling rejects: 1427
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.694.330.5812.31406432500.9589.6
2.69-2.84.360.492.51417432530.8289.2
2.8-2.934.410.3872.91433132500.7988.8
2.93-3.084.430.3093.81431432310.8688.2
3.08-3.284.430.2394.51416731920.8887.7
3.28-3.534.430.1915.81426332091.0387.1
3.53-3.884.430.1317.71432931961.0186.2
3.88-4.454.430.08211.41422731250.9584.6
4.45-5.64.470.05516.11441331270.8283.2
5.6-47.14.410.0419.21437631760.7680.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2LDzdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 2088 7 %random
Rwork0.259 ---
obs-29668 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 25.663 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 61.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.983 Å20 Å20 Å2
2---5.093 Å20 Å2
3---2.109 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6540 0 0 15 6555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.3421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.3622
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.0932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.7592.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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