PDB-2ii1: Crystal structure of Acetamidase (10172637) from Bacillus Halodur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ii1

タイトル

Crystal structure of Acetamidase (10172637) from Bacillus Halodurans at 1.95 A resolution

要素

Acetamidase

キーワード

HYDROLASE / 10172637 / ACETAMIDASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / JCSG

機能・相同性

Acetamidase/Formamidase / Acetamidase/Formamidase family / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / metal ion binding / Acetamidase

機能・相同性情報

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Acetamidase (10172637) from Bacillus Halodurans at 1.95 A Resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation_author.name
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value ..._pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ii1.cif.gz	244.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ii1.ent.gz	196.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ii1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2ii1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2ii1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5zbl-d 2jhc-d 4dce-d 4bf2-d 2clq-d 5t03-1 4ok0-d 2jha-d 5a9v-2 1jfz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 356726

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetamidase

B: Acetamidase

C: Acetamidase

D: Acetamidase

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetamidase

D: Acetamidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetamidase

C: Acetamidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.759, 69.605, 94.984
Angle α, β, γ (deg.)	73.95, 88.91, 86.63
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	A	A	10 - 208	11 - 209
2	1	ILE	ILE	VAL	VAL	B	B	10 - 208	11 - 209
3	1	ILE	ILE	VAL	VAL	C	C	10 - 208	11 - 209
4	1	ILE	ILE	VAL	VAL	D	D	10 - 208	11 - 209
1	2	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	215 - 280	216 - 281
2	2	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	215 - 280	216 - 281
3	2	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	215 - 280	216 - 281
4	2	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	215 - 280	216 - 281

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Acetamidase 分子量: 32416.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 遺伝子: 10172637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KGN3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化	詳細: 20.0% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.2M CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9797
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月31日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.898→28.892 Å / Num. obs: 70889 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / R_sym value: 0.681 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→28.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 8.164 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.174
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	3594	5.1 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.17761	70887	90.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.88 Å²	1.22 Å²	-1.58 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0.71 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8747	0	15	443	9205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	1.99	12160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3	14443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.487	5	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.479	25.831	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.382	15	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.732	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	6063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	4720
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.224	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.289	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.217	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.217	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.07	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.887	3	6050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.47	3	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.549	5	9522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.87	8	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.406	11	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2356	loose positional	0.34	5
1	2	B	2356	loose positional	0.31	5
1	3	C	2356	loose positional	0.33	5
1	4	D	2356	loose positional	0.3	5
2	1	A	749	loose positional	0.31	5
2	2	B	749	loose positional	0.22	5
2	3	C	749	loose positional	0.22	5
2	4	D	749	loose positional	0.25	5
1	1	A	2356	loose thermal	1.99	10
1	2	B	2356	loose thermal	2.09	10
1	3	C	2356	loose thermal	3.27	10
1	4	D	2356	loose thermal	3.31	10
2	1	A	749	loose thermal	2.21	10
2	2	B	749	loose thermal	2.56	10
2	3	C	749	loose thermal	1.84	10
2	4	D	749	loose thermal	2.16	10

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	235	-
R_work	0.223	4861	-
obs	-	-	87.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6503	-0.2111	0.1219	1.1526	0.2517	1.2177	0.0256	0.0055	-0.0595	0.0126	-0.0034	-0.0664	0.1	0.0415	-0.0222	0.03	-0.0073	0.0132	0.0078	-0.0059	0.0575	27.1407	40.4632	12.4605
2	1.5371	-1.0507	0.5723	1.0599	-0.1823	1.0541	0.0247	0.0497	-0.0062	-0.1146	-0.028	0.0312	0.0036	-0.0637	0.0033	0.034	-0.031	0.0223	0.0364	0.0025	0.0523	14.0602	56.2218	4.2784
3	1.1412	-0.2029	0.6628	0.8223	-0.4087	1.7328	0.0884	-0.0005	-0.1165	-0.0625	-0.073	-0.0135	0.1085	0.0593	-0.0154	0.0142	-0.0061	0.0033	0.0156	0.0128	0.049	30.2217	63.0886	-27.946
4	0.7435	-0.3336	0.2082	1.2835	0.255	1.1228	-0.0197	-0.1688	0.0737	-0.0007	0.0092	-0.0863	-0.1236	-0.1255	0.0105	0.0311	0.0048	-0.0008	0.0541	-0.0078	0.0081	23.3169	82.2444	-19.4407
5	1.3592	-0.1901	0.5105	0.6881	-0.2376	0.8304	-0.1352	-0.1714	0.1685	0.0708	0.0761	-0.0184	-0.2018	-0.1013	0.0591	0.072	0.0348	-0.0042	0.0398	-0.0262	0.0225	6.4269	97.2838	-32.3397
6	0.8522	-0.4444	-0.051	1.0766	0.3238	1.6862	0.0947	-0.0075	-0.0577	-0.1219	-0.0269	0.001	0.0067	-0.0639	-0.0678	0.0262	-0.0013	-0.0067	0.0392	0.0101	0.0333	12.6744	77.7074	-40.3144
7	0.598	0.1133	0.1983	1.0355	0.1855	1.1102	-0.0433	0.0048	0.0672	0.0023	0.022	0.0672	-0.0696	-0.0504	0.0213	0.0249	-0.0041	0.0169	0.025	0.0052	0.0561	9.4919	78.6088	16.7895
8	1.1333	-0.6038	0.4512	1.7905	-0.5762	0.4206	-0.0253	-0.1186	0.0172	0.2349	0.0427	-0.0871	0.0262	0.014	-0.0174	0.0344	-0.0194	0.0089	0.0317	-0.0124	0.0419	23.4875	63.3193	25.1472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 216	1 - 217
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	217 - 296	218 - 297
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 215	2 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	216 - 296	217 - 297
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	2 - 218	3 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	219 - 297	220 - 298
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	1 - 213	2 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	214 - 297	215 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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