+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2igw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CYCLOPHILIN 3 complexed with DIPEPTIDE GLY-PRO | ||||||
![]() | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3 | ||||||
![]() | ISOMERASE / ROTAMASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kan, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Experimental Determination of van der Waals Energies in a Biological System. 著者: Wear, M.A. / Kan, D. / Rabu, A. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18576.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET-5A / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-GLY / |
#3: 化合物 | ChemComp-PRO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% MPEG 5000, 0.1M Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→36.04 Å / Num. obs: 23790 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.01424 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique all: 3131 / % possible all: 90.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1E8K 解像度: 1.78→35.95 Å / Num. parameters: 5688 / Num. restraintsaints: 5371 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1436.93 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→35.95 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|