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- PDB-2if8: Crystal structure of Inositol Phosphate Multikinase Ipk2 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2if8
タイトルCrystal structure of Inositol Phosphate Multikinase Ipk2 in complex with ADP and Mn2+ from S. cerevisiae
要素Inositol polyphosphate multikinase
キーワードTRANSFERASE / ATP-grasp fold related
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of IPs in the nucleus / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol-polyphosphate multikinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,3,4,6-tetrakisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity / regulation of arginine metabolic process ...Synthesis of IPs in the nucleus / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol-polyphosphate multikinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,3,4,6-tetrakisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity / regulation of arginine metabolic process / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / arginine metabolic process / inositol phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / macroautophagy / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein-macromolecule adaptor activity / protein stabilization / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase superfamily / Inositol polyphosphate kinase / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Inositol polyphosphate multikinase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Holmes, W. / Jogl, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of inositol phosphate multikinase 2 and implications for substrate specificity.
著者: Holmes, W. / Jogl, G.
履歴
登録2006年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol polyphosphate multikinase
B: Inositol polyphosphate multikinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4685
ポリマ－82,9462
非ポリマー5223
水6,575365
1
A: Inositol polyphosphate multikinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9954
ポリマ－41,4731
非ポリマー5223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol polyphosphate multikinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4731
ポリマ－41,4731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.996, 184.996, 49.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Inositol polyphosphate multikinase / IPMK / Arginine metabolism regulation protein III


分子量: 41473.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IPK2 / プラスミド: PET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR / 参照: UniProt: P07250, inositol-polyphosphate multikinase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 100mM HEPES pH7.7, 200mM CaCl2, 28% PEG400 50mM ATP and 50 mM MnCl soaked, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 36366 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.398→2.46 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2IEW

2iew


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 14.249 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24593 1922 5 %RANDOM
Rwork0.19267 ---
obs0.19534 36366 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.898 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20.76 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4174 0 29 365 4568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9955764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8885503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.94624.783207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.75715807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0491522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22861
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0270.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0280.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8081.52607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46124094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92331900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0674.51670
LS精密化 シェル解像度: 2.398→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 141 -
Rwork0.256 2642 -
obs-2642 98.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5623.04690.97453.04652.03972.8888-0.0034-0.1012-0.21910.21210.01280.09430.2917-0.3929-0.0094-0.17690.07020.02250.12180.0021-0.087314.841973.602448.0926
21.1718-0.1783-0.13630.9948-0.13582.67990.01070.0115-0.0332-0.0437-0.0393-0.13540.0918-0.13210.0287-0.15240.10230.0061-0.0031-0.017-0.076332.269780.331340.3002
312.27380.907-0.38055.2879-3.09127.25610.2665-1.285-0.99680.4267-0.0594-0.18510.2333-0.0235-0.2072-0.07510.1084-0.10760.13640.0921-0.075836.369970.556359.4565
42.5676-1.5575-0.06598.21781.19453.5230.14430.35180.3741-1.0395-0.0618-0.1888-0.43370.0739-0.08250.1690.22760.0571-0.0790.0805-0.150933.876122.61437.4899
51.9568-0.42770.23664.1385-0.19232.29750.0665-0.01280.05920.2615-0.0323-0.0932-0.2129-0.1154-0.0342-0.01780.17080.033-0.1150.0078-0.163136.2327110.670453.9016
69.19083.5956-2.03766.1864-5.257614.1784-0.15381.09120.4211-0.01360.0981-1.0851-0.28531.47180.0557-0.19880.09430.10750.21430.0720.163955.9293112.943244.5989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA26 - 11826 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2AA127 - 134127 - 134
3X-RAY DIFFRACTION2AA165 - 355165 - 355
4X-RAY DIFFRACTION3AA135 - 164135 - 164
5X-RAY DIFFRACTION4BB26 - 11826 - 118
6X-RAY DIFFRACTION5BB127 - 134127 - 134
7X-RAY DIFFRACTION5BB165 - 355165 - 355
8X-RAY DIFFRACTION6BB135 - 164135 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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