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万見
- PDB-2ibz: Yeast Cytochrome BC1 Complex with Stigmatellin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ibz
タイトルYeast Cytochrome BC1 Complex with Stigmatellin
要素
  • (Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ...) x 4
  • (Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ...) x 2
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial precursor
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor
  • Variable Heavy chain of antibody fragment
  • Variable Light chain of antibody fragment
キーワードOXIDOREDUCTASE / multisubunit membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging of heme from plasma / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / CD22 mediated BCR regulation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / : / Complex III assembly / FCERI mediated MAPK activation / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation ...Scavenging of heme from plasma / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / CD22 mediated BCR regulation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / : / Complex III assembly / FCERI mediated MAPK activation / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / matrix side of mitochondrial inner membrane / FCERI mediated Ca+2 mobilization / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / FCERI mediated NF-kB activation / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Respiratory electron transport / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Mitochondrial protein degradation / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cellular respiration / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / aerobic respiration / nuclear periphery / proton transmembrane transport / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / immune response / heme binding / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 ...Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / : / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / : / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / STIGMATELLIN A / Chem-UQ6 / F30C7 light chain variable region / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / STIGMATELLIN A / Chem-UQ6 / F30C7 light chain variable region / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Ig heavy chain V region 3-6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hunte, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: A Comparison of Stigmatellin Conformations, Free and Bound to the Photosynthetic Reaction Center and the Cytochrome bc(1) Complex.
著者: Lancaster, C.R. / Hunte, C. / Kelley, J. / Trumpower, B.L. / Ditchfield, R.
履歴
登録2006年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / Item: _software.name
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 1
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial precursor
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor
H: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 17 kDa protein
F: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 14 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.3 kDa protein
X: Variable Heavy chain of antibody fragment
Y: Variable Light chain of antibody fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,14417
ポリマ－246,00611
非ポリマー3,1396
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)214.473, 163.921, 147.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 1 / Complex III subunit 1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 1


分子量: 47445.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07256, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2 / Complex III subunit 2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2 / Ubiquinol:cytochrome-c oxidoreductase subunit II


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07257, quinol-cytochrome-c reductase

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タンパク質 , 3種, 3分子 CDE

#3: タンパク質 Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit / Complex III subunit CYTB / ...Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit / Complex III subunit CYTB / Cytochrome b-c1 complex subunit CYTB


分子量: 43674.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00163, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial precursor / Ubiquinol- cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Complex III subunit CYT1 / ...Ubiquinol- cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Complex III subunit CYT1 / Cytochrome b-c1 complex subunit CYT1


分子量: 27807.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07143, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor / Complex III subunit RIP1 / Cytochrome b-c1 complex subunit RIP1 / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase

-
Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ... , 4種, 4分子 HFGI

#6: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 17 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Complex III subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Ubiquinol- ...Mitochondrial hinge protein / Complex III subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Ubiquinol-cytochrome c reductase subunit VI


分子量: 8854.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00127, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 14 kDa protein / Complex III subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 14583.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00128, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Complex III subunit 8 / Cytochrome b-c1 ...Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Complex III subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8


分子量: 10987.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08525, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.3 kDa protein / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9


分子量: 7485.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22289, quinol-cytochrome-c reductase

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抗体 , 2種, 2分子 XY

#10: 抗体 Variable Heavy chain of antibody fragment


分子量: 14365.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: variable domain antibody heavy chain / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P18531*PLUS
#11: 抗体 Variable Light chain of antibody fragment


分子量: 11926.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: variable domain antibody light chain / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: A0N6Y3*PLUS

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非ポリマー , 5種, 346分子

#12: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#14: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#15: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: precipitant PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→14.96 Å / Num. all: 199019 / Num. obs: 168517 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 23537 / % possible all: 72.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→14.96 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 4240 -random
Rwork0.222 ---
all-199009 --
obs-168517 84.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17227 0 213 340 17780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.27
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 593 -
Rwork0.33 --
obs-23537 72.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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