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万見
- PDB-2ibm: A novel dimer interface and conformational changes revealed by an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ibm
タイトルA novel dimer interface and conformational changes revealed by an X-ray structure of B. subtilis SecA
要素Preprotein translocase secA subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT / protein translocation / SecA / signal peptide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / membrane raft / ATP binding / metal ion binding ...protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / membrane raft / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain ...Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zimmer, J. / Li, W. / Rapoport, T.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A Novel Dimer Interface and Conformational Changes Revealed by an X-ray Structure of B. subtilis SecA.
著者: Zimmer, J. / Li, W. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2006年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprotein translocase secA subunit
B: Preprotein translocase secA subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,2603
ポリマ－177,8322
非ポリマー4271
水00
1
A: Preprotein translocase secA subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3432
ポリマ－88,9161
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Preprotein translocase secA subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9161
ポリマ－88,9161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Preprotein translocase secA subunit
B: Preprotein translocase secA subunit
ヘテロ分子

A: Preprotein translocase secA subunit
B: Preprotein translocase secA subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,5196
ポリマ－355,6654
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455-x-1/2,y,-z1
Buried area24710 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area122070 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)125.834, 166.833, 211.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細The asymmetric unit contains two copies of the molecule. The monomer is believed to be the biologically active species.

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要素

#1: タンパク質 Preprotein translocase secA subunit


分子量: 88916.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: secA, div+ / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P28366
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.8 M malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 301K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 19-ID11.1
シンクロトロンNSLS X2520.98
検出器
タイプID検出器日付詳細
SBC-21CCD2005年5月1日mirrors
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.981
反射解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 39088 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 7 / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.571 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1m6n

1m6n


解像度: 3.2→40.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 55688.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 3431 10 %RANDOM
Rwork0.321 ---
obs0.321 34442 92.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.0038 Å2 / ksol: 0.38555 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å20 Å20 Å2
2--4.57 Å20 Å2
3----2.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12376 0 27 0 12403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.972.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 506 9.7 %
Rwork0.394 4719 -
obs--85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2adp_cns.paradp_cns.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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