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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ibl
タイトルCrystal structure of a helper molecule (HT-mf-thromb) based on mini-fibritin (mf) crystal structure (pdb:1OX3).
要素Fibritin
キーワードCHAPERONE / mini-fibritin / foldon / trimerization / bacteriophage t4 / helper molecule
機能・相同性6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / virion component / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Fibritin / Fibritin
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Enterobacteria phage Ox2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Boudko, S.P. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Coiled-coil Domain Structure of the Sin Nombre Virus Nucleocapsid Protein.
著者: Boudko, S.P. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure formation in the C terminus of type III collagen guides disulfide cross-linking
著者: Boudko, S.P. / Engel, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Design and crystal structure of bacteriophage T4 mini-fibritin NCCF
著者: Boudko, S.P. / Strelkov, S.V. / Engel, J. / Stetefeld, J.
履歴
登録2006年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年9月10日Group: Database references
改定 1.42017年6月14日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin ..._entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0621
ポリマ－14,0621
非ポリマー00
水3,549197
1
A: Fibritin

A: Fibritin

A: Fibritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1853
ポリマ－42,1853
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.677, 53.677, 106.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-262-

HOH

21A-263-

HOH

31A-264-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x,y,z; -x+y+1,-x,z; -y,x-y-1,z

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要素

#1: タンパク質 Fibritin / Collar protein / Whisker antigen control protein


分子量: 14061.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Enterobacteria phage Ox2 (ファージ)
遺伝子: wac / プラスミド: pET23d(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10104, UniProt: Q38650
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1 M TrisHCl, 0.2 M magnesium chloride, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.00465 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月30日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00465 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→35 Å / Num. all: 40437 / Num. obs: 40028 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 1.32→1.354 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 2823 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 89.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OX3

1ox3


解像度: 1.32→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.972 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 2001 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.161 39993 --
obs0.161 39993 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数833 0 0 197 1030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022867
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0121.9761178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82531452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8165107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.65625.36641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.49915155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.487156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1211.5705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5441.5219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3492879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1263376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8344.5299
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 129 -
Rwork0.174 2591 -
obs-2720 89.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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