- PDB-2i6v: PDZ domain of EpsC from Vibrio cholerae, residues 219-305 -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2i6v
タイトル
PDZ domain of EpsC from Vibrio cholerae, residues 219-305
要素
General secretion pathway protein C
キーワード
PROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / EpsC / GspC / PDZ domain / Type 2 Secretion System / General Secretion Pathway
機能・相同性
機能・相同性情報
protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / plasma membrane 類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspC / Bacterial type II secretion system protein C signature. / Type II secretion system protein GspC, N-terminal / Type II secretion system protein C / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 7.1 / 数: 74457 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Χ2: 2.61 / D res high: 1.45 Å / D res low: 33.911 Å / Num. obs: 10912 / % possible obs: 72.8
Diffraction reflection shell
ID: 1
最高解像度 (Å)
最低解像度 (Å)
% possible obs (%)
Rmerge(I) obs
Rsym value
Chi squared
Redundancy
4.59
20.73
95
0.052
0.052
2.67
6
3.24
4.59
98.9
0.046
0.046
2.522
6.6
2.65
3.24
97.9
0.049
0.049
2.5
7
2.29
2.65
97.7
0.066
0.066
2.414
7.1
2.05
2.29
97.7
0.084
0.084
2.425
7.1
1.87
2.05
96.6
0.114
0.114
2.377
7.2
1.73
1.87
91.8
0.163
0.163
2.495
7.1
1.62
1.73
59.6
0.262
0.262
2.604
6.6
1.53
1.62
37
0.349
0.349
2.787
6.3
1.45
1.53
24.1
0.526
0.526
3.484
5
反射
解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 10558 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 2.614 / Net I/σ(I): 57.6
反射 シェル
解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 16.7 / Num. unique all: 1004 / Χ2: 3.484 / % possible all: 97.3
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
5.2.0019
精密化
PDB_EXTRACT
2
データ抽出
DIP
V. 2000
データ収集
HKL-2000
データスケーリング
SOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.63→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.732 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.203
506
4.8 %
RANDOM
Rwork
0.17
-
-
-
all
0.171
-
-
-
obs
-
10520
99.46 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK