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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i4e
タイトルStructural studies of protein tyrosine phosphatase beta catalytic domain in complex with inhibitors
要素Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta
キーワードHYDROLASE / protein tyrosine phosphatase / WPD-loop / sulfamic acid / phosphatase / inhibitor / drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / dephosphorylation / tertiary granule membrane / specific granule membrane / protein dephosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase ...glial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / dephosphorylation / tertiary granule membrane / specific granule membrane / protein dephosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / osteoblast differentiation / angiogenesis / receptor complex / cadherin binding / Neutrophil degranulation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PTPRJ, transmembrane domain / TM proximal of protein tyrosine phosphatase, receptor type J / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic ...PTPRJ, transmembrane domain / TM proximal of protein tyrosine phosphatase, receptor type J / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Evdokimov, A.G. / Pokross, M.E. / Walter, R.L. / Mekel, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Engineering the catalytic domain of human protein tyrosine phosphatase beta for structure-based drug discovery.
著者: Evdokimov, A.G. / Pokross, M. / Walter, R. / Mekel, M. / Cox, B. / Li, C. / Bechard, R. / Genbauffe, F. / Andrews, R. / Diven, C. / Howard, B. / Rastogi, V. / Gray, J. / Maier, M. / Peters, K.G.
履歴
登録2006年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8064
ポリマ－72,5762
非ポリマー2302
水4,972276
1
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4032
ポリマ－36,2881
非ポリマー1151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4032
ポリマ－36,2881
非ポリマー1151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.058, 71.721, 69.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta / Protein-tyrosine phosphatase beta / R-PTP-beta


分子量: 36288.035 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, residues 1662-1973 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRB, PTPB / プラスミド: pDEST-HisMBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P23467, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 21% PEG 8000, 220 mM MgCl2, 1% BME, 0.1% BOG, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月2日 / 詳細: Si monochromator
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→38.14 Å / Num. all: 59776 / Num. obs: 59776 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique all: 8987 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I3U

2i3u


解像度: 1.75→38.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.904 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS group was defined over the whole protein chain
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3035 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.185 59756 --
obs0.18 59756 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.52 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4583 0 10 276 4869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9426463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8975574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.223.402244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36415823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1681541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.22141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.23236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8561.52899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.82424608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.01832113
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9414.51847
LS精密化 シェル解像度: 1.752→1.798 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 228 -
Rwork0.216 4105 -
obs-4333 95.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44330.00420.04380.97940.12660.0353-0.0047-0.00410.0344-0.0450.00180.06380.0118-0.00560.0029-0.0246-0.0003-0.0039-0.01260.0136-0.015715.0082-11.886836.06
20.4432-0.0421-0.11540.7671-0.19210.4411-0.0225-0.0413-0.001-0.07280.01-0.07410.05380.05650.01250.0220.0130.0183-0.0163-0.0103-0.0461-16.970611.84352.7033
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1678 - 1969 / Label seq-ID: 18 - 309

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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