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- PDB-2i1k: Moesin from Spodoptera frugiperda reveals the coiled-coil domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i1k
タイトルMoesin from Spodoptera frugiperda reveals the coiled-coil domain at 3.0 angstrom resolution
要素Moesin
キーワードCell Adhesion / Membrane Protein / FERM / coiled-coil / C-ERMAD / ERM / moesin / radixin / ezrin / merlin / actin binding / masking / regulation / self-inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


rhabdomere / microvillus / animal organ morphogenesis / adherens junction / neuron differentiation / actin binding / cytoskeleton / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #10 / Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #10 / Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-domain like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Helix non-globular / Special / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UREA / Moesin/ezrin/radixin homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Refinement against 2.1 angstrom structure / 解像度: 3 Å
データ登録者Nance, M.R. / Tesmer, J.J.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Self-masking in an Intact ERM-merlin Protein: An Active Role for the Central alpha-Helical Domain.
著者: Li, Q. / Nance, M.R. / Kulikauskas, R. / Nyberg, K. / Fehon, R. / Karplus, P.A. / Bretscher, A. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2006年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Moesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9405
ポリマ－67,6611
非ポリマー2804
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.940, 126.940, 272.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Moesin


分子量: 67660.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0T1L9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM HEPES pH 8.0, 15% PEG 8000, 50 mM phosphoserine, 800 mM NaCl, 1 M urea. Crystals were soaked in harvesting solution containing 1 mM IP3 for 2 hours prior to data collection, VAPOR ...詳細: 100 mM HEPES pH 8.0, 15% PEG 8000, 50 mM phosphoserine, 800 mM NaCl, 1 M urea. Crystals were soaked in harvesting solution containing 1 mM IP3 for 2 hours prior to data collection, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 112 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal system / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 17202 / % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.110.43717020.914199.7
3.11-3.230.35216970.919199.7
3.23-3.380.27617040.9821100
3.38-3.560.21217051.074199.6
3.56-3.780.16217181.072199.5
3.78-4.070.12716911.02199
4.07-4.480.10317151.073199.3
4.48-5.130.09817141.061198.8
5.13-6.460.12417481.079199
6.46-500.05118081.009198.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: Refinement against 2.1 angstrom structure
解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / SU B: 9.079 / SU ML: 0.174 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 --
Rwork0.181 --
all0.184 17202 -
obs0.184 17202 99.33 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.964 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.174 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4513 0 17 41 4571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9291.9626159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73737998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9215541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65624.385260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98615910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5471549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.23243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.22177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.22550
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0980.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.22423621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.63521092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.63944375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.85962167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.3781784
LS精密化 シェル解像度: 3→3.075 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.247 1258 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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