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- PDB-2hzn: Abl kinase domain in complex with NVP-AFG210 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hzn
タイトルAbl kinase domain in complex with NVP-AFG210
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction in response to DNA damage => GO:0042770 / : / circulatory system development => GO:0072359 / : / : / : / : / : / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) ...signal transduction in response to DNA damage => GO:0042770 / : / circulatory system development => GO:0072359 / : / : / : / : / : / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / actin filament branching / Cyclin D associated events in G1 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / regulation of cellular senescence / response to epinephrine / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / podocyte apoptotic process / transitional one stage B cell differentiation / activation of protein kinase C activity / regulation of modification of synaptic structure / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of microtubule binding / delta-catenin binding / DNA conformation change / microspike assembly / collateral sprouting / neuroepithelial cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / cerebellum morphogenesis / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of blood vessel branching / circulatory system development / B-1 B cell homeostasis / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / Myogenesis / bubble DNA binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / activated T cell proliferation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of dendrite development / myoblast proliferation / syntaxin binding / alpha-beta T cell differentiation / regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / regulation of axon extension / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / B cell proliferation / cell leading edge / positive regulation of osteoblast proliferation / regulation of microtubule polymerization / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of focal adhesion assembly / associative learning / Bergmann glial cell differentiation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / endothelial cell migration / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of T cell migration / BMP signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / phagocytosis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / four-way junction DNA binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / spleen development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of establishment of T cell polarity / phosphotyrosine residue binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of interleukin-2 production / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell migration / post-embryonic development / SH2 domain binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains ...Tyrosine-protein kinase ABL1/transforming protein Abl / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KIN / Tyrosine-protein kinase ABL1 / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cowan-Jacob, S.W. / Fendrich, G. / Liebetanz, J. / Fabbro, D. / Manley, P.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2007
タイトル: Structural biology contributions to the discovery of drugs to treat chronic myelogenous leukaemia.
著者: Cowan-Jacob, S.W. / Fendrich, G. / Floersheimer, A. / Furet, P. / Liebetanz, J. / Rummel, G. / Rheinberger, P. / Centeleghe, M. / Fabbro, D. / Manley, P.W.
履歴
登録2006年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1172
ポリマ－33,7441
非ポリマー3731
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.431, 105.431, 110.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1 / p150 / c-ABL / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1


分子量: 33743.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abl1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q61258, UniProt: P00520*PLUS, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-KIN / 1-[4-(PYRIDIN-4-YLOXY)PHENYL]-3-[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]UREA


分子量: 373.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14F3N3O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil
詳細: 16 % PEG 8000, 0.1 M NaCacodylate pH 6.2, 0.2 M MgAcetate, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.8602 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8602 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8868 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Χ2: 0.813 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.80.4578730.6321100
2.8-2.910.3278590.6581100
2.91-3.040.218620.6771100
3.04-3.20.1328870.7011100
3.2-3.40.0838690.7271100
3.4-3.660.0548850.7661100
3.66-4.030.048810.8251100
4.03-4.620.0328930.9481100
4.62-5.810.0289021.023199.9
5.81-500.0289571.182198.9

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.449 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.532
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å34.73 Å
Translation3.5 Å34.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類NB
BUSTER-TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2HYY

2hyy


解像度: 2.7→32 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Due to a feature in the refinement program, the structure was refined with OXT on one or more residues that is not the terminal residue of the sequence. In all these instances the OXT was ...詳細: Due to a feature in the refinement program, the structure was refined with OXT on one or more residues that is not the terminal residue of the sequence. In all these instances the OXT was changed to N of the next residue. DUE TO THE HIGH OVERALL TEMPERATURE FACTOR IN THESE CRYSTALS THE DENSITY MAPS LOOKED MUCH LOWER RESOLUTION THAN 2.7 A. AS A RESULT, NO WATER MOLECULES WERE ADDED. THE ELECTRON DENSITY FOR THE INHIBITOR IS WEAK, BUT DEFINITELY PRESENT. THE HIGH OVERALL B-VALUE IS PROBABLY CORRELATED WITH THE DIFFICULTY IN GETTING A MODEL WHICH GIVES A LOW R-FACTOR FOR THIS CRYSTAL FORM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 422 4.8 %RANDOM
Rwork0.264 ---
obs0.267 8864 --
原子変位パラメータBiso mean: 80.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2182 0 27 0 2209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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