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- PDB-2hz8: QM/MM structure refined from NMR-structure of a single chain diir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hz8
タイトルQM/MM structure refined from NMR-structure of a single chain diiron protein
要素De novo designed diiron protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / four-helix bundle
機能・相同性IL-4 antagonist (De novo design) like domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / 1. Step: Classical Molecular dynamics simulation starting from NMR-structure, using non-bonded model for metal-site. 2. step: QM, MM MD for relaxation of local frustrations at the metal site.
データ登録者Calhoun, J.R. / Liu, W. / Spiegel, K. / Dal Peraro, M. / Klein, M.L. / Wand, A.J. / DeGrado, W.F.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Solution NMR structure of a designed metalloprotein and complementary molecular dynamics refinement.
著者: Calhoun, J.R. / Liu, W. / Spiegel, K. / Dal Peraro, M. / Klein, M.L. / Valentine, K.G. / Wand, A.J. / Degrado, W.F.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Computational design and characterization of a monomeric helical dinuclear metalloprotein.
著者: Calhoun, J.R. / Kono, H. / Lahr, S. / Wang, W. / DeGrado, W.F. / Saven, J.G.
#2: ジャーナル: Biopolymers / 年: 2005
タイトル: Artificial diiron proteins: from structure to function.
著者: Calhoun, J.R. / Nastri, F. / Magloi, O. / Pavone, V. / Lombardi, A. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2006年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999Sequence No suitable database references were found at time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed diiron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6473
ポリマ－13,5161
非ポリマー1312
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1dynamical average of 300K trajectory
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 De novo designed diiron protein


分子量: 13516.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1314D 13C/15N-separated NOESY
1414D 13C-separated NOESY
151HNHA
363IPAP-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was first determined using triple-resonance spectrscopy. The structure was then further refined using classical MD followed by 5 ps of Car Parrinello hybrid QM/MM dynamics.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM DUE FERRI SINGLE CHAIN U-15N, 13C, 2.5 mM Zn(II), 50 mM DUETERATED SODIUM ACETATE 10 mM NaCl, 5% D2O95% water, 5% D20
22 mM DUE FERRI SINGLE CHAIN U-15N, 10% 13C, 2.5 mM Zn(II), 50 mM DUETERATED SODIUM ACETATE 10 mM NaCl, 5% D2O95% water, 5% D20
32 mM DUE FERRI SINGLE CHAIN U-15N, 13C, 2.5 mM Zn(II), 50 mM DUETERATED SODIUM ACETATE 10 mM NaCl, 5% D2O DIHEXANOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE, DIMYRISTOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE95% water, 5% D20
試料状態イオン強度: 10 mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1A. Brunger, P. Adams, M. Clore, P.Gros, M. Nilges, and R. Reed精密化
NMRPipelinux9F. Delaglio, S. Grzesiek, A. Bax, Geerten, and W. Vuister解析
Sparky3.11T.D. Goddard and D.G. Knellerデータ解析
VNMR6.1bP. Nicholas, D. Fushman, V. Ruchinsky, and D. Cowburncollection
NAMDversion 2.6Laxmikant, K, Skeel, R, Bhandarkar, M, Brunner, R, Gursoy, A, Krawetz, N, Phillips, J, Shinozaki, A, Varadarajan, K,Schulten, K精密化
Amberversion 8Case, D. A., Cheatham, T. E., 3rd, Darden, T., Gohlke, H., Luo, R., Merz, K. M., Jr., Onufriev, A., Simmerling, C., Wang, B., Woods, R. J.精密化
QM/MM(Version 3.10), based on CPMD and GROMOSCPMD: Hutter, J, Alavi, A, Deutsch, T, Ballone, P, Bernasconi, M, Focher, P, Goedecker, S; GROMOS Scott WRP, Huhnenberger, PH, Tironi, TG, Mark, AE, Billeter SR, Fennen J, Torda AE, Huber T, Kruger P, van Gunsteren WF: Laio, A., VandeVondele, J., Rothlisberger, U.精密化
精密化手法: 1. Step: Classical Molecular dynamics simulation starting from NMR-structure, using non-bonded model for metal-site. 2. step: QM, MM MD for relaxation of local frustrations at the metal site.
ソフトェア番号: 1
詳細: Average over last ps of 5ps QM/MM trajectory. Two metal-site water molecules are included in the average. Other solvent molecules and counter ions are excluded. Atoms included in the QM-part ...詳細: Average over last ps of 5ps QM/MM trajectory. Two metal-site water molecules are included in the average. Other solvent molecules and counter ions are excluded. Atoms included in the QM-part are indicated with a value of 1 in the beta-factor column, whereas atoms in the MM-part are indicated with a value of 0 in the beta-factor column.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: dynamical average of 300K trajectory
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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