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万見
- PDB-2hvx: Discovery of Potent, Orally Active, Nonpeptide Inhibitors of Huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hvx
タイトルDiscovery of Potent, Orally Active, Nonpeptide Inhibitors of Human Mast Cell Chymase by Using Structure-Based Drug Design
要素Chymase
キーワードHYDROLASE / serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / Activation of Matrix Metalloproteinases / midbrain development / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity ...chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / Activation of Matrix Metalloproteinases / midbrain development / extracellular matrix disassembly / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / serine-type peptidase activity / peptide binding / secretory granule / protein maturation / cellular response to glucose stimulus / protein catabolic process / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / : / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DRX / Chymase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Greco, M.N. / Hawkins, M.J. / Powell, E.T. / Almond, H.R. / de Garavilla, L. / Wang, Y. / Minor, L.A. / Wells, G.I. / Di Cera, E. / Cantwell, A.M. ...Greco, M.N. / Hawkins, M.J. / Powell, E.T. / Almond, H.R. / de Garavilla, L. / Wang, Y. / Minor, L.A. / Wells, G.I. / Di Cera, E. / Cantwell, A.M. / Savvides, S.N. / Damiano, B.P. / Maryanoff, B.E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Discovery of potent, selective, orally active, nonpeptide inhibitors of human mast cell chymase.
著者: Greco, M.N. / Hawkins, M.J. / Powell, E.T. / Almond, H.R. / de Garavilla, L. / Hall, J. / Minor, L.K. / Wang, Y. / Corcoran, T.W. / Di Cera, E. / Cantwell, A.M. / Savvides, S.N. / Damiano, B.P. / Maryanoff, B.E.
履歴
登録2006年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Advisory / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _audit_author.name
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4242
ポリマ－24,9921
非ポリマー4321
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.940, 73.940, 49.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Chymase / Mast cell protease I


分子量: 24991.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: mast cells
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23946, chymase
#2: 化合物 ChemComp-DRX / [(1S)-1-(5-CHLORO-1-BENZOTHIEN-3-YL)-2-(2-NAPHTHYLAMINO)-2-OXOETHYL]PHOSPHONIC ACID


分子量: 431.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15ClNO4PS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG4000, 0.2 Na Acetate, 0.1 bistris propane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月10日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 8431 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 793 9.5 %random
Rwork0.229 ---
all0.245 8077 --
obs0.245 8077 96.5 %-
溶媒の処理Bsol: 53.719 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 29.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.072 Å20 Å20 Å2
2--4.072 Å20 Å2
3----8.145 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 28 107 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.563
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6542.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2nag.param_rnnag.topo_rn
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5drx.paramdrx.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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