PDB-2hrs: Crystal structure of L42H V224H design intermediate for GFP metal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hrs

タイトル

Crystal structure of L42H V224H design intermediate for GFP metal ion reporter

要素

Green fluorescent protein

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / metal site design / intermediate / GFP / fluorophore / reporter

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Barondeau, D.P. / Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Iterative Structure-Based Design of a Green Fluorescent Protein Metal Ion Reporter
著者: Barondeau, D.P. / Tubbs, J.L. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.

履歴

登録	2006年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE AT POSITION 65, SER IS MUTATED TO THR, S65T. CHROMOPHORE CRO 66 RESULTS FROM THE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hrs.cif.gz	68.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hrs.ent.gz	48.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hrs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hrs_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hrs_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	2hrs_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	2hrs_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hrs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hjoC 2hqzC 1emaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4w74-7 1f0b-d 5hzo-1 4lw5-2 6fll-d 6ofl-2 7a7v-d 2hgd-d 3lvd-3 6gqg-d 3dq7-d 5yr3-d 5wj4-2 1q4b-d 1qyf-d 5wj2-2 5wj3-2 7a80-2 1z1q-d 2qle-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.38, 62.06, 71.30
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 26828.066 Da / 分子数: 1 / 変異: F64L S65T F99S M153T V163A L42H V224H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 19% PEG 4K, 50 mM MgCl2, 50 mM Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 43831 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 12.9 Å² / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4146 / R_sym value: 0.337 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
AMoRE	位相決定
SHELXL-97	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1ema

1ema

解像度: 1.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.192	2170	random
R_work	0.13	-	-
all	0.13	43503	-
obs	0.13	41333	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1844	0	5	337	2186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.027
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.011

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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