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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hqu | ||||||
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タイトル | Human dUTPase in complex with alpha,beta-iminodUTP and magnesium ion | ||||||
要素 | Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / jelly-roll / protein-substrate analogue ligand complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Barabas, O. / Varga, B. / Vertessy, B.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2007 タイトル: Active site closure facilitates juxtaposition of reactant atoms for initiation of catalysis by human dUTPase. 著者: Varga, B. / Barabas, O. / Kovari, J. / Toth, J. / Hunyadi-Gulyas, E. / Klement, E. / Medzihradszky, K.F. / Tolgyesi, F. / Fidy, J. / Vertessy, B.G. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Human dUTP pyrophosphatase: uracil recognition by a beta hairpin and active sites formed by three separate subunits. 著者: Mol, C.D. / Harris, J.M. / McIntosh, E.M. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The protein used in this study is an isoform SWS P33316-2 of the protein in the database reference |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hqu.cif.gz | 97.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hqu.ent.gz | 72.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hqu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/2hqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/2hqu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1q5uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 24 - 146 / Label seq-ID: 24 - 146
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詳細 | the biological assembly is the trimer found in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17771.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUTN / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P33316, dUTP diphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18-20% PEG 3350, 0.1M Na-Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K Temp details: 293 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8124 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8124 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 21420 / Num. obs: 21420 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.2 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 9.21 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / Num. unique all: 2736 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1Q5U truncated at residue 146 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 16.788 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.252 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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