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- PDB-2hot: Phage selected homeodomain bound to modified DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hot
タイトルPhage selected homeodomain bound to modified DNA
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*A)-3'
  • Segmentation polarity homeobox protein engrailed
キーワードtranscription/DNA / Homeodomain / Phage display / transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / wing disc morphogenesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / segment polarity determination / ventral midline development / compartment pattern specification / gonad development / axon guidance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PROP-2-YN-1-YL-1,3-OXAZOLIDIN-2-ONE / DNA / DNA (> 10) / Segmentation polarity homeobox protein engrailed
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Feldman, M.E. / Simon, M.D. / Shokat, K.M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure and properties of a re-engineered homeodomain protein-DNA interface.
著者: Simon, M.D. / Feldman, M.E. / Rauh, D. / Maris, A.E. / Wemmer, D.E. / Shokat, K.M.
履歴
登録2006年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*A)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3'
A: Segmentation polarity homeobox protein engrailed
B: Segmentation polarity homeobox protein engrailed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2287
ポリマ－27,9184
非ポリマー3093
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.856, 45.046, 73.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*A)-3'


分子量: 6389.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid-phase DNA synthesis
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3'


分子量: 6496.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Commercial solid-phase DNA synthesis

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Segmentation polarity homeobox protein engrailed / Homeobox


分子量: 7516.522 Da / 分子数: 2 / Fragment: Engrailed homeodomain / Mutation: I45V,I47G,Q50K,K52M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: En / プラスミド: pMal-EnHDf / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02836

-
非ポリマー , 3種, 83分子

#4: 化合物 ChemComp-P2O / 3-PROP-2-YN-1-YL-1,3-OXAZOLIDIN-2-ONE / 1-(PROP-2-YNYL)-OXAZOLIDINE-2-ONE / 3-プロパルギルオキサゾリジン-2-オン


分子量: 125.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7NO2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG-400/NH4OAc, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG40011
2NH4OAc11
3H2O11
4NH4OAc12
5bis-Tris-Propane12
6PEG40012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月25日 / 詳細: KOHZU:Double Crystal Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 18302 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.19-2.272.40.293176.3
2.27-2.362.70.288185.8
2.36-2.472.80.251193.3
2.47-2.630.211198.8
2.6-2.763.10.1431100
2.76-2.973.10.0941100
2.97-3.273.10.052199.9
3.27-3.743.10.032199.8
3.74-4.723.10.023199.6
4.72-5030.022198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→34.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.875 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25448 1183 6.9 %RANDOM
Rwork0.22206 ---
obs0.22424 15927 89.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→34.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数938 854 21 80 1893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.662.5182756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.875112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.252250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98715197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4081515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6321.5585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0322895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51231817
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.444.51861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 57 -
Rwork0.276 832 -
obs--62.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6828-0.6772-0.223312.30021.7255.53970.01980.0077-0.0476-0.7935-0.062-0.727-0.0140.26850.04220.0214-0.02690.1143-0.18180.0115-0.209117.18729.36733.071
23.2291-0.7342-1.64429.7122-0.8753.0486-0.1014-0.0168-0.01820.12020.07170.18650.0554-0.07980.0297-0.107-0.02550.0476-0.22-0.0075-0.2351-4.0520.24162.306
310.09421.76-0.58410.3092-0.09710.0438-0.3632-0.1037-0.507-0.04030.2098-0.3674-0.05390.22610.15340.0351-0.1352-0.07930.30270.04540.120625.08128.36748.02
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC5 - 608 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2BD2 - 595 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3CA1 - 211 - 21
4X-RAY DIFFRACTION3DB22 - 421 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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