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- PDB-2hkh: Crystal structure of the Fab M75 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hkh
タイトルCrystal structure of the Fab M75
要素
  • Immunoglobulin Heavy chain Fab fragment
  • Immunoglobulin Light chain Fab fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Fab fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kral, V. / Mader, P. / Stouracova, R. / Fabry, M. / Sedlacek, J. / Brynda, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Stabilization of antibody structure upon association to a human carbonic anhydrase IX epitope studied by X-ray crystallography, microcalorimetry, and molecular dynamics simulations.
著者: Kral, V. / Mader, P. / Collard, R. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Rezacova, P. / Kozisek, M. / Zavada, J. / Sedlacek, J. / Rulisek, L. / Brynda, J.
履歴
登録2006年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR IMMUNOGLOBULIN ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OR IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Immunoglobulin Light chain Fab fragment
H: Immunoglobulin Heavy chain Fab fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6403
ポリマ－47,5482
非ポリマー921
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.982, 43.154, 57.370
Angle α, β, γ (deg.)85.30, 88.45, 84.29
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin Light chain Fab fragment


分子量: 24144.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma cells
#2: 抗体 Immunoglobulin Heavy chain Fab fragment


分子量: 23403.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma cells
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 4000, 100 mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月10日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 57110 / Num. obs: 57110 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.304 / Num. unique all: 1573 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 68.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1NBV

1nbv


解像度: 2.1→20.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 14.744 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.633 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27292 1417 8.2 %RANDOM
Rwork0.21934 ---
obs0.22394 15795 75.84 %-
all-15795 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.073 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å2-0.52 Å20.2 Å2
2--0.28 Å2-0.22 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 6 96 3378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.954586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.3565423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36224.328134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.83815533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0451513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.21506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.52165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86123464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32831367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0014.51122
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 76 -
Rwork0.286 785 -
obs--50.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4806-1.55260.99732.4181-0.68442.01310.0771-0.0993-0.0187-0.0927-0.0198-0.06520.099-0.0594-0.0573-0.0924-0.01630.0096-0.08740.0003-0.0984.5168.1694-13.0047
22.00430.8533-2.05950.712-1.26333.76390.00220.1564-0.06340.0264-0.0111-0.0720.0641-0.13070.0088-0.0994-0.0048-0.0306-0.10680.01-0.03367.514-13.416916.0498
32.3385-1.51291.66382.9806-1.21543.70680.01220.22310.1592-0.1312-0.071-0.1613-0.2420.08480.0587-0.1053-0.01690.0267-0.0098-0.0204-0.0315-6.66321.71050.4005
44.5835-2.2759-0.36023.43120.35562.5233-0.1576-0.05670.03130.24080.1662-0.22450.01190.1208-0.0086-0.116-0.0695-0.0479-0.08060.0082-0.041112.9371-0.387423.5027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1121 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2LA113 - 219113 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3HB2 - 1182 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4HB119 - 218119 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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