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- PDB-2hdx: Crystal structure of the Src homology-2 domain of SH2-B in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hdx
タイトルCrystal structure of the Src homology-2 domain of SH2-B in complex with Jak2 pTyr813 phosphopeptide
要素
  • Jak2 protein
  • SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2 / Jak2 / phosphotyrosine / adapter protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of cell activation / defense response to symbiont / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / Signaling by Erythropoietin / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Prolactin receptor signaling / Interleukin-20 family signaling ...response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of cell activation / defense response to symbiont / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / Signaling by Erythropoietin / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Prolactin receptor signaling / Interleukin-20 family signaling / Interferon gamma signaling / Interleukin-12 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Erythropoietin activates RAS / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-23 signaling / Interleukin-27 signaling / regulation of DNA biosynthetic process / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Signaling by SCF-KIT / Cyclin D associated events in G1 / RAF activation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / thrombopoietin-mediated signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / interleukin-5-mediated signaling pathway / activation of Janus kinase activity / response to interleukin-12 / type 1 angiotensin receptor binding / post-embryonic hemopoiesis / interleukin-12 receptor complex / erythropoietin-mediated signaling pathway / interleukin-23 receptor complex / myeloid cell differentiation / interleukin-23-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / acetylcholine receptor binding / positive regulation of platelet activation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / growth hormone receptor binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / axon regeneration / lamellipodium assembly / response to hydroperoxide / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / growth hormone receptor signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of cell-cell adhesion / peptide hormone receptor binding / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / response to amine / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / response to tumor necrosis factor / signaling receptor activator activity / insulin receptor substrate binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to dexamethasone stimulus / type II interferon-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / hormone-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / ruffle / signaling adaptor activity / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / endomembrane system / positive regulation of mitotic nuclear division / SH2 domain binding / post-translational protein modification
類似検索 - 分子機能
SH2B1, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe ...SH2B1, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase JAK2 / Tyrosine-protein kinase JAK2 / SH2B adapter protein 1 / SH2B adapter protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Hu, J. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Phosphotyrosine Recognition by the Src Homology-2 Domains of the Adapter Proteins SH2-B and APS.
著者: Hu, J. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2006年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
B: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
C: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
D: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
E: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
F: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
G: Jak2 protein
H: Jak2 protein
I: Jak2 protein
J: Jak2 protein
K: Jak2 protein
L: Jak2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,99212
ポリマ－81,99212
非ポリマー00
水5,765320
1
A: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
G: Jak2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6652
ポリマ－13,6652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
2
B: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
H: Jak2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6652
ポリマ－13,6652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6330 Å2
手法PISA
3
C: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
I: Jak2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6652
ポリマ－13,6652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6280 Å2
手法PISA
4
D: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
J: Jak2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6652
ポリマ－13,6652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6290 Å2
手法PISA
5
E: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
K: Jak2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6652
ポリマ－13,6652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6360 Å2
手法PISA
6
F: SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
L: Jak2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6652
ポリマ－13,6652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.21, 74.19, 239.22
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Six biological units pack in 12 5 screw axis

-
要素

#1: タンパク質
SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform


分子量: 12275.992 Da / 分子数: 6 / 断片: SH2 (Residues: 499-607) / 変異: E583A, E584A, W593H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sh2bpsm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WVM5, UniProt: Q91ZM2*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Jak2 protein


分子量: 1389.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequence occurs naturally in Mus musculus (mouse). / 参照: UniProt: Q7TQD0, UniProt: Q62120*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.3 M ammonium acetate., pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 33327 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Rsym value: 0.103 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2HDV

2hdv


解像度: 2.35→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.24 1604 Random
Rwork0.21 --
all0.24 33858 -
obs0.24 32298 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5373 0 0 320 5693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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