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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h9b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the effector binding domain of a BenM variant (BenM R156H/T157S) | ||||||
![]() | HTH-type transcriptional regulator benM | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / LTTR / BenM / Transcriptional activator / lysR-type transcriptional regulator | ||||||
機能・相同性 | ![]() catabolic process / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ezezika, O.C. / Craven, S.H. / Neidle, E.L. / Momany, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1. 著者: Craven, S.H. / Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Hall, R.A. / Momany, C. / Neidle, E.L. #1: ![]() タイトル: Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation By BenM, a LysR-type Regulator 著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is a dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35611.961 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector binding domain / 変異: R156H, T157S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 % |
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結晶化 | 温度: 296.4 K 詳細: Precipitant:2.0 M ammonium sulfate Protein: 20 mM tris HCl, 0.5 M NaCl, pH 7.9, 10% glycerol Equal volumes mixed, Microbatch under oil, temperature 296.4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48633 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 0.858 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Num. unique obs: 4763 / Χ2: 0.799 / % possible all: 99.77 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB accession code 2F97, BenM-EBD (high pH) 解像度: 1.8→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.306 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.201 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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