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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h8f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of deoxy hemoglobin from Trematomus bernacchii at pH 6.2 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Root effect / pH / cooperativity / hemoglobin / allostery / high resolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity ...hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trematomus bernacchii (魚類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Mazzarella, L. / Vergara, A. / Vitagliano, L. / Merlino, A. / Bonomi, G. / Scala, S. / Verde, C. / di Prisco, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2006 タイトル: High resolution crystal structure of deoxy hemoglobin from Trematomus bernacchii at different pH values: The role of histidine residues in modulating the strength of the root effect. 著者: Mazzarella, L. / Vergara, A. / Vitagliano, L. / Merlino, A. / Bonomi, G. / Scala, S. / Verde, C. / di Prisco, G. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2006 タイトル: Minimal structural requirements for root effect: crystal structure of the cathodic hemoglobin isolated from the antarctic fish Trematomus newnesi 著者: Mazzarella, L. / Bonomi, G. / Lubrano, M.C. / Merlino, A. / Riccio, A. / Vergara, A. / Vitagliano, L. / Verde, C. / di Prisco, G. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of Trematomus newnesi haemoglobin re-opens the root effect question 著者: Mazzarella, L. / D'Avino, R. / di Prisco, G. / Savino, C. / Vitagliano, L. / Moody, P.C.E. / Zagari, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h8f.cif.gz | 135.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h8f.ent.gz | 110.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h8f_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2h8f_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2h8f_validation.xml.gz | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h8f_validation.cif.gz | 45 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/2h8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/2h8f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15683.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus bernacchii (魚類) / 参照: UniProt: P80043 #2: タンパク質 | 分子量: 16153.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus bernacchii (魚類) / 参照: UniProt: P80044 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: deoxy-HbTb 8-9.5 mg/ml mixed with equal amount of 7-12 % w/v PEG 6000, PBS 100 mM, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→19.83 Å / Num. all: 150761 / Num. obs: 150761 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.46 Å / % possible all: 57.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.3→19.83 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Crystals used for structure determination present pseudo-merohedral twinning
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.83 Å
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拘束条件 |
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