[日本語] English
万見
- PDB-2h2p: Crystal structure of CLC-ec1 in complex with Fab fragment in SeCN- -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h2p
タイトルCrystal structure of CLC-ec1 in complex with Fab fragment in SeCN-
要素
  • CLC Cl transporter
  • FAB fragment, heavy chain
  • FAB fragment, light chain
キーワードION TRANSPORT / CLC / transporter / chloride / antiport
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SELENOCYANATE ION / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / Ighg protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nguitragool, W. / Miller, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Uncoupling of a CLC Cl(-)/H(+) Exchange Transporter by Polyatomic Anions
著者: Nguitragool, W. / Miller, C.
履歴
登録2006年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CLC Cl transporter
B: CLC Cl transporter
C: FAB fragment, heavy chain
D: FAB fragment, light chain
E: FAB fragment, heavy chain
F: FAB fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,72214
ポリマ－192,8826
非ポリマー8408
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)220.581, 121.578, 151.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 18 - 454 / Label seq-ID: 18 - 454

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The complex is a homodimer of chains A and B along with nonequivalent Fab fragments

-
要素

#1: タンパク質 CLC Cl transporter / ClC-ec1 / H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA


分子量: 49658.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: clcA, eriC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 FAB fragment, heavy chain


分子量: 23693.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cell line / 参照: UniProt: Q4VBH1*PLUS
#3: 抗体 FAB fragment, light chain


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cell line
#4: 化合物
ChemComp-SEK / SELENOCYANATE ION / セレノシアナ-ト


分子量: 104.977 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNSe
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM KSCN, PEG 300 38%, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.98 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 61583 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.973 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Num. unique all: 5821 / Χ2: 1.13 / % possible all: 93.8

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å37.67 Å
Translation3.1 Å37.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.856 / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2834 5 %RANDOM
Rwork0.278 ---
all0.2781 56530 --
obs0.2781 56530 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.512 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.65 Å20 Å2-6.99 Å2
2--7.97 Å20 Å2
3----10.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13223 0 8 0 13231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02213553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.96218456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.41451743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.23222.985479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.87152145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0851567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0210087
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3320.27367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3420.29547
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2930.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2580.22
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1748TIGHT POSITIONAL0.060.05
1524LOOSE POSITIONAL0.215
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 217 -
Rwork0.422 3859 -
obs-4076 97.16 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る