+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h1x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of 5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein) | ||||||
要素 | 5-hydroxyisourate Hydrolase (formerly known as TRP, Transthyretin Related Protein) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / 5-hydroxyisourate Hydrolase / TRP / uric acid degradation / allantoin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Zanotti, G. / Cendron, L. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Berni, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structure of Zebra fish HIUase: Insights into Evolution of an Enzyme to a Hormone Transporter. 著者: Zanotti, G. / Cendron, L. / Ramazzina, I. / Folli, C. / Percudani, R. / Berni, R. #1: ジャーナル: NAT.CHEM.BIOL. / 年: 2006 タイトル: Completing the uric acid degradation pathway through phylogenetic comparison of whole genomes 著者: Ramazzina, I. / Folli, C. / Secchi, A. / Berni, R. / Percudani, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h1x.cif.gz | 101.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2h1x.ent.gz | 79.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h1x_validation.pdf.gz | 451.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2h1x_full_validation.pdf.gz | 462.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2h1x_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h1x_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 7 - 119 / Label seq-ID: 7 - 119
| ||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | The homo-tetramer present in the asymmetric unit coincides with the biological assembly |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13260.125 Da / 分子数: 4 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: GeneID:558664 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q0P422, UniProt: Q06S87*PLUS, hydroxyisourate hydrolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 20% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日 / 詳細: Toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→500 Å / Num. all: 26947 / Num. obs: 26947 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3574 / % possible all: 89.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1F41 解像度: 1.98→58.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 4.35 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.19 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.05 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→58.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
|