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- PDB-2h1k: Crystal structure of the Pdx1 homeodomain in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h1k
タイトルCrystal structure of the Pdx1 homeodomain in complex with DNA
要素
  • (15-mer DNA) x 2
  • Pancreatic and duodenal homeobox 1
キーワードTranscription/DNA / protein-dna complex / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type B pancreatic cell differentiation / positive regulation of insulin secretion / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pancreas/duodenum homeobox protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Longo, A. / Guanga, G.P. / Rose, R.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural basis for induced fit mechanisms in DNA recognition by the pdx1 homeodomain
著者: Longo, A. / Guanga, G.P. / Rose, R.B.
履歴
登録2006年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 15-mer DNA
D: 15-mer DNA
E: 15-mer DNA
F: 15-mer DNA
A: Pancreatic and duodenal homeobox 1
B: Pancreatic and duodenal homeobox 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1226
ポリマ－34,1226
非ポリマー00
水41423
1
C: 15-mer DNA
D: 15-mer DNA
A: Pancreatic and duodenal homeobox 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0613
ポリマ－17,0613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 15-mer DNA
F: 15-mer DNA
B: Pancreatic and duodenal homeobox 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0613
ポリマ－17,0613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.282, 61.928, 96.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 15-mer DNA


分子量: 4626.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 15-mer DNA


分子量: 4549.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Pancreatic and duodenal homeobox 1 / Insulin promoter factor 1 / IPF-1 / Homeodomain protein PDX1


分子量: 7885.207 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 146-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) / 遺伝子: IPF1, PDX1 / プラスミド: pET24b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P70118
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: microbatch-under-oil / pH: 7
詳細: 0.1 mM Imidazole pH 7.0, 280 mM MgCl2, and 21.4 % PEG 4000, microbatch-under-oil, temperature 281.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Imidazole11
2MgCl211
3PEG 400011
4Imidazole12
5MgCl212
6PEG 400012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→53 Å / Num. all: 14198 / Num. obs: 14198 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル解像度: 2.42→2.57 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
ADSCデータ収集
MOSFLMデータ削減
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 9ANT

9ant


解像度: 2.42→53 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1334 9.5 %random
Rwork0.227 ---
all-14198 --
obs-13993 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.688 Å20 Å20 Å2
2---18.318 Å20 Å2
3---21.006 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1008 1218 0 23 2249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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