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- PDB-2h0q: Crystal Structure of the PGM domain of the Suppressor of T-Cell r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h0q
タイトルCrystal Structure of the PGM domain of the Suppressor of T-Cell receptor (Sts-1)
要素Suppressor of T-cell receptor signaling 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PGM / Sts-1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent ...regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / phosphoprotein binding / platelet activation / platelet aggregation / ubiquitin protein ligase binding / signal transduction / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UBASH3B, SH3 domain / : / UBA-like domain / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Variant SH3 domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain ...UBASH3B, SH3 domain / : / UBA-like domain / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Variant SH3 domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Nassar, N. / Ford, B. / Carpino, N.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: A phosphatase activity of Sts-1 contributes to the suppression of TCR signaling.
著者: Mikhailik, A. / Ford, B. / Keller, J. / Chen, Y. / Nassar, N. / Carpino, N.
履歴
登録2006年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of T-cell receptor signaling 1
B: Suppressor of T-cell receptor signaling 1
C: Suppressor of T-cell receptor signaling 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1033
ポリマ－88,1033
非ポリマー00
水5,459303
1
A: Suppressor of T-cell receptor signaling 1
B: Suppressor of T-cell receptor signaling 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7352
ポリマ－58,7352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22910 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Suppressor of T-cell receptor signaling 1

C: Suppressor of T-cell receptor signaling 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7352
ポリマ－58,7352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.229, 74.340, 100.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit of Sts-1 is a dimer. The dimer is formed by chains AB. Chain C dimerizes with a symmetry related C molecule.

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of T-cell receptor signaling 1 / Sts-1 / Cbl-interacting protein p70


分子量: 29367.646 Da / 分子数: 3 / 断片: Phosphoglycerate mutase domain, residues 384-643 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: STS-1 / プラスミド: pProEx-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus / 参照: UniProt: Q8BGG7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13% PEG4000, 0.3 M magnesium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X26C10.967
シンクロトロンNSLS X26C21
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年9月17日Monochromator
ADSC QUANTUM 2102CCD2005年4月4日Monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 ChannelMADMx-ray1
2Si 111 channelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9671
211
反射解像度: 1.82→98.06 Å / Num. all: 72288 / Num. obs: 72288 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.572 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.82→98.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.895 / SU ML: 0.091 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23599 3653 5.1 %RANDOM
Rwork0.19609 ---
obs0.19808 68629 96.24 %-
all-72282 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.165 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0.37 Å2
2--2.21 Å20 Å2
3----2.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.138 Å0.146 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→98.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6123 0 0 303 6426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226327
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.9548589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6715775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65623.477279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.236151082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7521544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.23052
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.24319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.53996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37426314
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98832676
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0274.52275
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.819→1.866 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 251 -
Rwork0.271 4973 -
obs--94.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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