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万見
- PDB-5w5g: Structure of Human Sts-1 histidine phosphatase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w5g
タイトルStructure of Human Sts-1 histidine phosphatase domain
要素Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
キーワードHYDROLASE / T-Cell Receptor / histidine phosphatase / protein tyrosine phosphatase / Zap-70
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity ...regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / phosphoprotein binding / platelet aggregation / ubiquitin protein ligase binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UBASH3B, SH3 domain / : / UBA-like domain / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Variant SH3 domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain ...UBASH3B, SH3 domain / : / UBA-like domain / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Variant SH3 domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Zhou, W. / Yin, Y. / Weinheimer, A.W. / Kaur, N. / Carpino, N. / French, J.B.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH17-1-0147 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)U01HL127522 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR029205 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021527 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Histidine Phosphatase Domains of Human Sts-1 and Sts-2.
著者: Zhou, W. / Yin, Y. / Weinheimer, A.S. / Kaur, N. / Carpino, N. / French, J.B.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
B: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
C: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5783
ポリマ－88,5783
非ポリマー00
水1,71195
1
A: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
B: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0522
ポリマ－59,0522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B

C: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0522
ポリマ－59,0522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2700 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.602, 74.498, 101.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-752-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B / Cbl-interacting protein p70 / Suppressor of T-cell receptor signaling 1 / STS-1 / T-cell ubiquitin ...Cbl-interacting protein p70 / Suppressor of T-cell receptor signaling 1 / STS-1 / T-cell ubiquitin ligand 2 / TULA-2 / Tyrosine-protein phosphatase STS1/TULA2


分子量: 29525.904 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP Residues 383-644 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBASH3B, KIAA1959, STS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TF42, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes, pH 7 5% ethylene glycol 0.3 M magnesium chloride 13% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 28546 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 2.076 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.49-2.532.10.490.5870.3880.6291.09593.9
2.53-2.5820.40.6970.3220.5161.03892.7
2.58-2.632.20.3830.7550.2960.4861.13495.5
2.63-2.682.30.3520.7640.2740.4481.27295.7
2.68-2.742.30.3290.7690.2520.4161.55894.4
2.74-2.82.30.3110.7940.2380.3941.75695.8
2.8-2.872.30.2730.8320.2140.3491.96995.2
2.87-2.952.30.2460.8560.190.3122.31794.2
2.95-3.042.20.2260.8730.1750.2882.42293.3
3.04-3.142.10.2080.8470.1670.2682.47392
3.14-3.252.20.2040.8740.1590.262.53493.9
3.25-3.382.40.1880.9180.1440.2392.40695.4
3.38-3.532.40.1770.9090.1340.2232.57894.1
3.53-3.722.30.1660.8990.1290.2112.53393.6
3.72-3.952.30.1490.9210.1170.1912.46393.4
3.95-4.262.10.130.9170.1050.1682.37391.6
4.26-4.692.30.1160.9460.090.1482.5393.6
4.69-5.362.30.1120.9480.0870.1432.5193.6
5.36-6.762.30.0830.9770.0640.1052.18491.7
6.76-752.40.0740.9850.0560.0932.0591.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D4I

3d4i


解像度: 2.48→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 9.614 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.656 / ESU R Free: 0.3
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 1441 5 %RANDOM
Rwork0.1943 ---
obs0.1971 27105 93.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.83 Å2 / Biso mean: 66.519 Å2 / Biso min: 35.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0 Å2-0.65 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5816 0 0 98 5914
Biso mean---62.6 -
残基数----771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9661.9528151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.734312502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1275768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.32923.473239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.68415883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3621534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021382
LS精密化 シェル解像度: 2.479→2.543 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 83 -
Rwork0.242 1889 -
all-1972 -
obs--89.07 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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