PDB-2gz2: Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase (ASADH) from St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gz2

タイトル

Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase (ASADH) from Streptococcus pneumoniae complexed with 2',5'-ADP

要素

Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / aspartate pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Faehnle, C.R. / Le Coq, J. / Liu, X. / Viola, R.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Examination of key intermediates in the catalytic cycle of aspartate-beta-semialdehyde dehydrogenase from a gram-positive infectious bacteria.
著者: Faehnle, C.R. / Le Coq, J. / Liu, X. / Viola, R.E.

履歴

登録	2006年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月6日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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類似構造データ	3pwk-d 4r4j-d 3pws-d 3pzb-d 3q1l-2 3pyx-d 1pqu-2 2gz3-3 2gyy-2 6huy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

B: Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.389, 100.214, 64.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aspartate beta-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 40038.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: asd / プラスミド: pET 28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8DQ00, UniProt: A0A0H2UPS5*PLUS, aspartate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-A2P / ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2′,5′-ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM Citrate pH 6.0 200 mM ammonium acetate 20% PEG 8000 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月1日

放射

モノクロメーター: Confocal Max-Flux (CMF) multilayer optics
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.99 % / Av σ(I) over netI: 6 / 数: 130993 / R_merge(I) obs: 0.131 / Χ²: 0.96 / D res high: 2.1 Å / D res low: 39.85 Å / Num. obs: 43521 / % possible obs: 98.9

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
4.52	39.85	97.9	0.049	0.79	3.08	65
3.59	4.52	98.1	0.085	1.43	2.91	539
3.14	3.59	99.8	0.115	1.1	3.03	126
2.85	3.14	99.9	0.124	0.73	3.07	1
2.65	2.85	99.5	0.164	1.01	3	104
2.49	2.65	99.1	0.189	0.77	3.02
2.37	2.49	98.4	0.241	0.78	3.03
2.26	2.37	98.7	0.328	0.89	2.95	46
2.18	2.26	99	0.697	1.34	2.88	98
2.1	2.18	98.9	0.353	0.8	2.9	4

反射

解像度: 2.1→39.85 Å / Num. all: 43521 / Num. obs: 43521 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.99 % / R_merge(I) obs: 0.131 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 6 / Scaling rejects: 983

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 12633 / Num. unique all: 4350 / Χ²: 0.8 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2SSI	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 6.411 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	2184	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
all	0.204	43510	-	-
obs	0.204	43510	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.74 Å²	0 Å²	0.69 Å²
2-	-	1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5440	0	54	452	5946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5598
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.97	7615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	3	11888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.206	5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	6030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.25	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.415	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.338	1.5	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.622	2	5748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.142	3	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.835	4.5	1867

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.358	141
R_work	0.3	3061
obs	-	3202

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1668	0.5654	0.4172	2.7128	1.9507	4.0444	0.1218	-0.0657	-0.3096	0.0393	-0.1794	0.1423	0.5712	0.2559	0.0577	0.3959	-0.0225	-0.0274	0.1764	-0.0037	0.309	2.827	18.887	66.124
2	1.2039	0.337	1.0508	4.2258	-0.1151	3.8888	0.3786	0.2534	-0.3531	-0.0758	-0.2098	-0.3558	1.2218	0.0823	-0.1687	0.7845	-0.0403	-0.0927	0.2544	-0.0641	0.5382	1.054	8.682	63.285
3	4.6146	-0.8048	-0.9932	4.3826	5.3103	8.3747	0.3058	-0.1586	-0.5963	-0.3212	-0.2362	0.0558	0.7481	-0.4997	-0.0696	0.3564	-0.1137	-0.08	0.2038	-0.0399	0.4372	-9.471	16.606	59.583
4	1.8535	1.6672	-0.5151	3.0236	-1.4209	1.8023	0.06	0.114	-0.0861	0.1035	-0.0502	0.1576	0.1941	-0.277	-0.0098	0.1332	-0.0188	-0.0135	0.2615	-0.0404	0.2249	-6.9	31.632	56.7
5	0.7027	-0.4319	-0.4615	2.7935	0.4057	1.7329	-0.0641	0.0025	-0.1073	0.4713	-0.0517	0.052	0.2127	-0.1533	0.1158	0.0899	-0.0181	-0.0479	0.1646	0.0138	0.1934	6.08	32.308	44.876
6	17.3173	1.5631	-3.2775	1.8492	-0.7339	5.8459	-0.413	0.4697	-1.0177	-0.1134	0.0781	-0.1698	0.9069	0.0733	0.3349	0.3219	0.0392	0.0182	0.083	-0.0091	0.3513	14.653	15.573	34.151
7	1.6998	-0.528	-0.2993	0.8883	0.1485	0.9278	-0.0276	0.0166	-0.1035	0.0861	-0.0337	0.0895	0.1184	-0.2172	0.0612	0.0838	-0.022	-0.0306	0.1946	-0.0042	0.2255	0.176	30.431	40.012
8	0.791	1.2664	1.9666	2.473	-0.6691	3.5868	-0.109	-0.0752	0.0849	0.182	0.1217	0.0237	-0.4028	-0.1044	-0.0127	0.1477	0.023	0.0132	0.1294	-0.013	0.2041	6.731	49.086	51.138
9	0.553	0.6725	-0.831	1.1459	-1.1093	2.4231	0.0611	-0.0672	-0.0195	0.1379	-0.1039	-0.0054	-0.1228	0.1035	0.0428	0.1062	0.0124	-0.0485	0.1399	-0.0218	0.22	10.221	39.105	52.133
10	7.3059	3.3547	5.0739	4.5079	5.0436	13.3338	0.3424	0.0539	-0.1795	0.3622	-0.1896	0.5874	1.1393	-1.2006	-0.1528	0.3246	-0.0714	0.0282	0.4542	0.0036	0.3947	-15.633	25.31	64.777
11	-0.8422	0.7209	-0.9814	5.4858	-3.0088	1.724	-0.1009	0.124	-0.0573	-0.058	0.0772	-0.1975	0.2028	-0.2735	0.0238	0.015	0.0101	-0.0548	0.1751	-0.0084	0.233	33.598	35.741	15.371
12	6.1677	1.7488	2.872	0.4662	0.6634	3.7243	-0.2772	0.0074	0.0119	-0.2989	0.011	0.0425	-0.028	0.1118	0.2661	0.142	0.0092	-0.0132	0.1513	-0.0055	0.2497	33.121	33.34	10.964
13	2.1714	-1.7958	-0.1691	2.9449	-0.2446	0.8173	-0.0359	0.0516	-0.0612	-0.085	-0.0877	-0.1712	0.1265	0.2194	0.1237	0.0927	-0.0227	-0.0371	0.2104	0.0305	0.2784	39.557	40.49	15.973
14	3.6538	1.7716	-0.2368	0.9895	-0.1582	0.4075	0.0449	-0.0842	0.0902	0.0524	-0.0893	-0.0168	-0.0406	0.016	0.0444	0.1468	0.0246	-0.0274	0.1574	0.0029	0.2152	19.914	47.768	18.06
15	2.495	-0.8909	0.3626	1.4027	-1.0483	2.1435	0.0344	0.162	-0.0838	0.0715	-0.143	-0.097	0.0359	0.2741	0.1086	0.1122	-0.0202	-0.0471	0.125	-0.0354	0.2021	17.563	35.83	32.052
16	3.6971	5.59	-0.4656	18.4141	-1.3747	1.9531	0.1069	-0.4232	-0.3613	0.2625	-0.3302	-0.8822	0.3981	0.8719	0.2233	0.1561	0.1215	-0.0073	0.48	0.0503	0.2995	28.866	29.416	45.567
17	2.3547	-1.9157	-0.1972	3.7321	-1.335	3.3306	0.016	-0.135	0.2283	-0.1058	-0.0733	-0.3649	-0.2514	0.5126	0.0573	0.122	-0.0393	-0.0327	0.1759	-0.0108	0.2076	22.55	42.578	40.991
18	2.3313	0.0757	-2.2942	-0.6241	0.7753	12.0432	0.1451	0.2279	0.3466	0.1237	-0.0945	0.2215	-0.4301	0.2069	-0.0506	0.1341	-0.0221	-0.0712	0.0448	-0.0083	0.2982	13.323	52.233	25.535
19	1.2986	0.2246	0.0197	0.9321	0.3105	1.8105	-0.0221	0.0792	-0.0483	-0.0443	0.006	0.0374	0.063	-0.1379	0.016	0.0538	-0.0078	-0.0478	0.1373	-0.0029	0.19	6.416	34.272	24.753
20	1.3205	0.1408	-0.7029	0.5189	-0.0022	1.0012	-0.0066	0.117	0.0735	-0.0403	0.019	-0.0165	-0.172	-0.0581	-0.0124	0.078	0.0153	-0.0814	0.1312	0.0114	0.1891	17.038	43.092	18.343

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 34	2 - 34
2	2	A	A	35 - 62	35 - 62
3	3	A	A	63 - 85	63 - 85
4	4	A	A	86 - 140	86 - 140
5	5	A	A	141 - 171	141 - 171
6	6	A	A	172 - 195	172 - 195
7	7	A	A	196 - 253	196 - 253
8	8	A	A	254 - 282	254 - 282
9	9	A	A	283 - 342	283 - 342
10	10	A	A	343 - 358	343 - 358
11	11	B	B	2 - 17	2 - 17
12	12	B	B	18 - 37	18 - 37
13	13	B	B	38 - 92	38 - 92
14	14	B	B	93 - 140	93 - 140
15	15	B	B	141 - 175	141 - 175
16	16	B	B	176 - 195	176 - 195
17	17	B	B	196 - 221	196 - 221
18	18	B	B	222 - 240	222 - 240
19	19	B	B	241 - 305	241 - 305
20	20	B	B	306 - 358	306 - 358

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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