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- PDB-2gwm: Crystal structure of the Salmonella SpvB ATR Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gwm
タイトルCrystal structure of the Salmonella SpvB ATR Domain
要素65 kDa virulence protein
キーワードTRANSFERASE / TOXIN / Salmonella / SpvB / ADP-ribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host actin cytoskeleton via inhibition of actin polymerization / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / nucleotide binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mono(ADP-ribosyl)transferase SpvB / Mono(ADP-ribosyl)transferase SpvB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Stebbins, C.E. / Margarit, S.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: A steric antagonism of actin polymerization by a salmonella virulence protein.
著者: Margarit, S.M. / Davidson, W. / Frego, L. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2006年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 65 kDa virulence protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8503
ポリマ－22,6581
非ポリマー1922
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.585, 55.585, 143.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-99-

HOH

21A-298-

HOH

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要素

#1: タンパク質 65 kDa virulence protein


分子量: 22657.605 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 391-590 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: mkaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55220, UniProt: P21454*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器日付: 2004年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→40 Å / Num. obs: 41183 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.302 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.48-1.532.20.33451360.93662
1.53-1.592.30.26170580.96183.7
1.59-1.672.70.2680300.95197.4
1.67-1.753.20.26283620.951100
1.75-1.863.70.25383500.966100
1.86-2.014.60.26283011.189100
2.01-2.215.80.22783431.03100
2.21-2.536.30.16483631.323100
2.53-3.196.20.08383181.663100
3.19-505.70.04583541.84899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.848 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2063 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
all0.158 ---
obs0.157 41134 97.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20.3 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 10 323 1925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.691.9832197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89833435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1025199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7124.86876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11915302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8931510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4610.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1810.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2380.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2361.51280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2081.5405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.58321613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5663722
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6564.5584
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 123 -
Rwork0.176 2274 -
obs-2397 78.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6379-0.51470.76370.8656-0.16433.55620.0546-0.21970.10510.0155-0.07520.0208-0.2072-0.22020.0206-0.0745-0.06240.00840.102-0.0144-0.02824.57124.61638.653
20.4556-0.14681.06780.2936-0.57993.83280.13180.01780.00940.0029-0.154-0.00260.07940.23570.0222-0.07610.02030.00610.0571-0.0073-0.037326.12822.10614.23
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11391 - 4581 - 68
22459 - 59069 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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