PDB-2gwm: Crystal structure of the Salmonella SpvB ATR Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gwm

タイトル

Crystal structure of the Salmonella SpvB ATR Domain

要素

65 kDa virulence protein

キーワード

TRANSFERASE / TOXIN / Salmonella / SpvB / ADP-ribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / nucleotide binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Stebbins, C.E. / Margarit, S.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: A steric antagonism of actin polymerization by a salmonella virulence protein.
著者: Margarit, S.M. / Davidson, W. / Frego, L. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2006年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gwm.cif.gz	104.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gwm.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gwm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gwm_validation.pdf.gz	410.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gwm_full_validation.pdf.gz	410.8 KB	表示
XML形式データ	2gwm_validation.xml.gz	6.5 KB	表示
CIF形式データ	2gwm_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gwm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gwjC 2gwkC 2gwlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wnh-d 3ihu-2 3si5-1 5dir-2 1iap-d 2y3n-1 2zdo-1 2hs5-d 2epf-1 3lev-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 65 kDa virulence protein

ヘテロ分子

22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.585, 55.585, 143.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-99- HOH
2	1	A-298- HOH

#1: タンパク質	65 kDa virulence protein 分子量: 22657.605 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 391-590 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: mkaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55220, UniProt: P21454*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.46 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å

検出器

日付: 2004年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→40 Å / Num. obs: 41183 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.302 / Net I/σ(I): 15.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.48-1.53	2.2	0.334	5136	0.936	62
1.53-1.59	2.3	0.261	7058	0.961	83.7
1.59-1.67	2.7	0.26	8030	0.951	97.4
1.67-1.75	3.2	0.262	8362	0.951	100
1.75-1.86	3.7	0.253	8350	0.966	100
1.86-2.01	4.6	0.262	8301	1.189	100
2.01-2.21	5.8	0.227	8343	1.03	100
2.21-2.53	6.3	0.164	8363	1.323	100
2.53-3.19	6.2	0.083	8318	1.663	100
3.19-50	5.7	0.045	8354	1.848	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.848 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	2063	5 %	RANDOM
R_work	0.156	-	-	-
all	0.158	-	-	-
obs	0.157	41134	97.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.551 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6 Å²	0.3 Å²	0 Å²
2-	-	0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1592	0	10	323	1925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.69	1.983	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.898	3	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.102	5	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.71	24.868	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.119	15	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.893	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	958
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.461	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.181	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.236	1.5	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.208	1.5	405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.583	2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.566	3	722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.656	4.5	584

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	123	-
R_work	0.176	2274	-
obs	-	2397	78.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6379	-0.5147	0.7637	0.8656	-0.1643	3.5562	0.0546	-0.2197	0.1051	0.0155	-0.0752	0.0208	-0.2072	-0.2202	0.0206	-0.0745	-0.0624	0.0084	0.102	-0.0144	-0.028	24.571	24.616	38.653
2	0.4556	-0.1468	1.0678	0.2936	-0.5799	3.8328	0.1318	0.0178	0.0094	0.0029	-0.154	-0.0026	0.0794	0.2357	0.0222	-0.0761	0.0203	0.0061	0.0571	-0.0073	-0.0373	26.128	22.106	14.23

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	391 - 458	1 - 68
2	2	459 - 590	69 - 200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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