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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gwl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Salmonella SpvB ATR Domain in complex with NADH | ||||||
![]() | 65 kDa virulence protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Salmonella / SpvB / ADP-ribosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity => GO:0106274 / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / : / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / nucleotide binding / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stebbins, C.E. / Margarit, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A steric antagonism of actin polymerization by a salmonella virulence protein. 著者: Margarit, S.M. / Davidson, W. / Frego, L. / Stebbins, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 742.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 744.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22615.570 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 392-591 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mkaA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 日付: 2003年11月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 21074 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 20.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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