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- PDB-2guz: Structure of the Tim14-Tim16 complex of the mitochondrial protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2guz
タイトルStructure of the Tim14-Tim16 complex of the mitochondrial protein import motor
要素
  • Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
  • Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
キーワードCHAPERONE / PROTEIN TRANSPORT / DnaJ-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


PAM complex, Tim23 associated import motor / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / ATPase activator activity / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / protein domain specific binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim16 / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mokranjac, D. / Bourenkov, G. / Hell, K. / Neupert, W. / Groll, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure and function of Tim14 and Tim16, the J and J-like components of the mitochondrial protein import motor.
著者: Mokranjac, D. / Bourenkov, G. / Hell, K. / Neupert, W. / Groll, M.
履歴
登録2006年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell
Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
C: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
D: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
E: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
F: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
G: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
H: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
I: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
J: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
K: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
L: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
M: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
N: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
O: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
P: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,70220
ポリマ－125,94516
非ポリマー7564
水16,592921
1
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7432
ポリマ－15,7432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
2
C: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
D: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7432
ポリマ－15,7432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
3
E: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
F: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1214
ポリマ－15,7432
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
4
G: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
H: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7432
ポリマ－15,7432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
5
I: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
J: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9323
ポリマ－15,7432
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
6
K: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
L: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9323
ポリマ－15,7432
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7980 Å2
手法PISA
7
M: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
N: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7432
ポリマ－15,7432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8270 Å2
手法PISA
8
O: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14
P: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7432
ポリマ－15,7432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.591, 114.441, 162.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM14 / Presequence translocated-associated motor subunit PAM18


分子量: 7982.391 Da / 分子数: 8 / 断片: J-domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PAM18, TIM14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07914
#2: タンパク質
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16 / Presequence translocated-associated motor subunit PAM16


分子量: 7760.792 Da / 分子数: 8 / 断片: J-like domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PAM16, TIM16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42949
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.08 %
解説: The K2OsCl6-soak changed the space group from P212121 to P43212 with unit cell dimensions of a=b=114.1, c=163.1 (eight subunits in the asymmetric unit cell). Seven Os4+ positions in the ...解説: The K2OsCl6-soak changed the space group from P212121 to P43212 with unit cell dimensions of a=b=114.1, c=163.1 (eight subunits in the asymmetric unit cell). Seven Os4+ positions in the asymmetric unit cell were localized by combining direct and difference Patterson search methods using ShelXD. The improved electron density allowed identifying four Tim14 and four Tim16 subunits, according to their amino acid sequence. Next, we transferred and expanded the coordinates to the high resolution native data set, applying the parameters of the space group P212121.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.65M sodium citrate, protein concentration 400mg/ml, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW611.05
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW621.1402, 1.1407, 1.05
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2005年5月30日
MAR CCD 165 mm2CCD2005年5月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.051
21.14021
31.14071
反射解像度: 2→99 Å / Num. all: 137971 / Num. obs: 137971 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.484 / Num. unique all: 5382

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.989 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25257 6848 5 %RANDOM
Rwork0.20542 ---
all0.21 135755 --
obs0.20778 128907 97.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.035 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å20 Å2
2--1.85 Å20 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8846 0 52 921 9819
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0228865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7571.98211841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.893318994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.98451086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37325.227419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.764151787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.491548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.22298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.28512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.24397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.25136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.26466942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.83462271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.64288612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.86883993
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.345123222
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 473 -
Rwork0.274 9254 -
obs--96.18 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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