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- PDB-2gqv: High-resolution structure of a plasmid-encoded dihydrofolate redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gqv
タイトルHigh-resolution structure of a plasmid-encoded dihydrofolate reductase: pentagonal network of water molecules in the D2-symmetric active site
要素Dihydrofolate reductase type 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / anisotropic refinement / atomic-resolution structure / folate metabolism / plasmid-encoded R67 DHFR / TMP-resistant DHFR
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methotrexate / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase, type II / R67 dihydrofolate reductase / SH3 type barrels. - #60 / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / Electron transport accessory-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrofolate reductase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Narayana, N.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: High-resolution structure of a plasmid-encoded dihydrofolate reductase: pentagonal network of water molecules in the D(2)-symmetric active site.
著者: Narayana, N.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: A plasmid-encoded dihydrofolate reductase from trimethoprim-resistant bacteria has a novel D2-symmetric active site.
著者: Narayana, N. / Matthews, D.A. / Howell, E.E. / Nguyen-huu, X.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Crystal structure of a novel trimethoprim-resistant dihydrofolate reductase specified in Escherichia coli by R-plasmid R67.
著者: Matthews, D.A. / Smith, S.L. / Baccanari, D.P. / Burchall, J.J. / Oatley, S.J. / Kraut, J.
履歴
登録2006年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7331
ポリマ－6,7331
非ポリマー00
水3,441191
1
A: Dihydrofolate reductase type 2

A: Dihydrofolate reductase type 2

A: Dihydrofolate reductase type 2

A: Dihydrofolate reductase type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9304
ポリマ－26,9304
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)68.050, 68.050, 52.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-67-

GLN

21A-234-

HOH

31A-243-

HOH

詳細The biological assembly is comprised of four subunits generated by symmetry axes. The crystallographic 222 symmetry generates the biologically active tetramer. x,y,z; -x+1,-y+1,z; y,x,-z+1; -y+1,-x+1,-z+1

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase type 2 / Dihydrofolate reductase type II


分子量: 6732.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
株: TMP-RESISTANT, CONTAINING R67 DHFR OVERPRODUCING PLASMID PLZ1
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00383, dihydrofolate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-Hcl buffer, 25% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9495 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9495 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. all: 22453 / Num. obs: 19914 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / Rsym value: 0.34 / % possible all: 58

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
CNS精密化
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VIE

1vie


解像度: 1.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 1121 -RANDOM
Rwork0.099 ---
obs0.105 19914 86 %-
all-22389 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数455 0 0 191 646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0284
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.118
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.175
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.103
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.034
LS精密化 シェル最高解像度: 1.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.153 1121 -
Rwork0.105 --
obs-22389 89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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